粗读了文章中的几张图片，整理笔记如下。
DNA重复
人类基因组包含大量DNA重复区域：
这些重复区域在染色体上分布情况如下：
重复区域的比对
虽然一个基因可能有多拷贝，当拷贝之间可能存在一定的差异。下图中，表示两个拷贝，两者相似度100%。
是相似度只有70%的两个拷贝。
当reads比对到这些重复区域时，如果一个reads存在多个等同的多比对，则认为可信度非常低（A图红色）。如果多比对之间存在一定差异，则得分高的比对位置可信度越高（A图蓝色）。
比对可能引起假阳性（B图）。位置a和b均只有1个错配，如果gap罚分高于mismatch，则a得分高，则比对工具认为序列比对到a位置。但可能该reads实际来自于b位置。
多比对定量
多比对发生时，reads处理方式有3种：
reads剔除，不纳入统计；
reads分配给得分最高的位置。如果存在多个得分最高的位置，随机选择一个位置分配；
reads同时分配给多个位置。
DNA重复单元给组装带来挑战
下图描述DNA重复单元引起的组装错误。方块A、B、C、D分别表示4个DNA片段，R1和R2表示两个重复。
以A图为例，Ab表示实际情况，Ac表示重复引起的错误组装。
图B和C同理。
