2025年全国已有4125家高企被取消资格，数量较三年前激增近5倍！2025年末，研发费用加计扣除税务核查已进入新一轮严查期！最近各地税务部门公开信息显示，核查正呈现 “更精准、更提前、更协同” 新动向。2025年以来官方通报违规案例创历年新高！企业若不赶紧摸清研发费用核查要点、做好研发费用合规，税务风险可能随时爆发。从央企子公司补缴 1.6 亿税款，到中小企业因各类财税问题，如研发费用不合规等被追缴，高企资格正面临“史上最严大考”。 已成功认定高企大多因忽视资质维护及自身税务问题问题遭遇核查。如何从根本防控财税风险，已是所有高企的生存必修课。

2025年！4125家高企资格被取消

目前全国已经有超50万家高新技术企业，2025年以来国家对高企资格认定的审查和监管愈加严格。截止到11月26日，全国各省市已有约4125家企业被取消高新技术企业资格！涉及上海（546家）、安徽（445家）、广东、浙江、江苏等30个省市地区。

据统计，2022年-2024年全国高新技术企业资质取消的数量分别为706家、1758家、3935家，年平均增长率为136.5%，资质被取消的企业数量成倍增加！

高企极易忽视财税合规

高企认定成功后不是一劳永逸，日常需要注重维护高企资质，比如：研发项目、研发费用归集日常管理；定期进行高新产品收入统计；科技人员管理；每年定期报表填报；重大变更报备等。尤其是高企的财税合规问题企业极易忽视。

如2025年，某央企下属公司在高企复审时，因研发费用占比长期不达标与税务合规存在重大疏漏，被取消高企资格，补缴企业所得税、滞纳金高达1.65亿元。

根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）第十九条：对被取消高新技术企业资格的企业，需按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。不过企业无需太过焦虑，及时做好自查自纠，没有问题的高企依然正常享受优惠扶持政策。

高企资格被取消有哪些原因？

那高企资格为什么会被取消呢？根据2025各地发布的公告，主要是由于以下问题：

1 日常监管发现不符合高企认定条件

2 高新技术产品（服务）收入占比不达标

3 研发费用总额占比不达标

4 研发费用归集不符要求

5 科技人员占比不达标

6 知识产权问题

7 申请时存在弄虚作假

8 不属于《国家重点支持的高新领域》

9 累计两年未填报年报发展情况报表

10 注销

其中绝大部分高企资格取消都是栽在了忽视资质维护以及税务不合规上！如不符合高企认定条件、研发费用占比不达标、高新技术产品（服务）收入占比不达标等。

这些不光是高企资格被取消的主要原因，同样也是高企认定过程中关键的审查要点。

高新技术企业高频税务风险

所以无论是老高企，还是2026想要新认定高企的企业，都需要高度关注实践中被取消高新技术企业资格的情形以及高企认定前后所面临的税务风险。及时做好自查自纠、风险排查。

1

高新收入占比不足风险

根据《高新技术企业认定管理办法》，高企要求高新产品（服务）收入占总收入 60% 以上，这是认定和核查的关键指标。实操中，部分企业因核算不精准、混算普通产品收入、合同技术属性模糊，导致占比不达标，容易导致资格被取消。

上海地区高新收入占比不足原因占高企资格取消的 68.54%

朴税建议企业高新收入留存销售合同、检测报告等证明材料；高新服务收入需拆分技术性收入，并通过技术合同登记认证。

2

研发费用不达标风险

按照高企认定管理办法，研发费用占销售收入比例按营收分档要求为：≤5000 万元需达 5%、5000 万元 - 2 亿元需达 4%、>2 亿元需达 3%。研发费用也是高企认定和后期核查的最重要的指标之一。

如11月12日，湖南监管局开展调查高企研发费管理，针对部分企业研发费归集等问题，直接上报到财政部。

研发费用归集涵盖人员人工、直接投入等多类项目，任一项目归集失误都会导致占比不达标。建议单独建账核算研发费用，定期自查比对。

3

科技人员占比不达标风险

依据高企认定规定，科技人员占企业当年职工总数比例不低于10%，兼职、临时工需累计工作 183天以上。实践中企业易因统计口径不准、人员变动大导致占比不达标，所以建议企业提前规范管理科技人员，准备完整的人员信息资料。

4

高企叠加优惠违规风险

在成为高企后，高企若同时符合小型微利企业条件，需择优选取 15% 税率或小微优惠政策，不可叠加享受，否则会引发税务稽查。

5

研发费用加计扣除优惠不合规风险

高企认定与研发费用加计扣除的研发费用归集口径不同，核算错误可能导致无法享受优惠，甚至面临税务审查处罚，这个问题在高企认定前后都需要注意！

6

重大变化及年报未及时报告风险

• 企业发生并购、分立、主营业务变更等重大变化，需 15 日内向认定机构报备；

• 累计两年未填报年度发展情况报表会被取消资格。

所以高企每年5月底前一定要注意填写年报！

高新技术企业全周期税务合规

现在对高新技术企业的监管风向变了，2025年重点不再是“入门资格”，而是“持续合规”。税务风险和合规，需要从申请高企前2-3年开始，并要一直贯穿整个周期。

01

高企认定前：打好税务合规底子

想评上高新技术企业，税务合规的基础得从一开始就得做好，这可不是光靠突击就能行的。

1 研发账本要清晰独立：根据《高新技术企业认定管理办法》和税法规定，每个研发项目都得单独立账。研究阶段和开发阶段的花费得分清楚，哪些该算当期费用，哪些能资本化，标准得明确。

2 高品收入需单独列明： 高新技术产品（服务）的收入，必须和非技术性的收入分开记账，千万别混在一起。签合同的时候，条款里就得白纸黑字写清楚技术属性和对应的收入比例，这是关键证据。

3 完善好证据链材料： 每个研发项目从头到尾的“证据”都得留好。立项报告、人员分工表、费用发票、成果报告……一个都不能少。科技人员的学历、职称证明、在职证明这些，整理成电子档案存好，随时备查。

4 专业的事，交给专业的人： 光靠内部组建个申报小组还不够，最好请外援。选择具备高企审计经验且近三年无不良记录的第三方机构（如同时拥有税务师事务所和会计师事务所资质的机构），在材料提交前进行专项审计。

02

高企认定后：每年做好风险自查

拿到高企资格不是终点，得持续关注那些认定规则和相关指标有没有变化，定期主动评估风险，尤其是财税风险。快到三年复核前，更要好好准备。

1 定期评估关键指标： 高品收入占营收的比例、研发投入占营收的比例、科技人员占员工总数的比例、知识产权的数量——这几个核心指标得盯紧了，看它们有没有波动，是不是还符合要求。

2 税收优惠合规享受： 高企能享受所得税优惠、研发费用加计扣除这些政策红利，但前提是得符合条件。企业可以借助专业财税机构，进行财税风险排查与财税指导，确保税务合规。

3 日常管理不能松： 指定专人负责后续的合规事务。比如，公司改名了得按规定报备；如果经营上发生了可能影响认定条件的大事，也得及时向认定机构报告；每年的年度发展情况报表，更要按时如实填报。这些看似琐碎，但都是合规的关键环节。

4 每年汇算清缴前查漏补缺： 每到年底结账后，抓紧时间把研发费用加计扣除需要的备查资料再捋一遍，查漏补缺。要是发现哪里不太完美、有瑕疵，趁着企业所得税汇算清缴这个窗口期，赶紧想办法找到专业财税机构，如朴税寻求指导帮助。

一、2025税局收紧研发费加计扣除核查！

临近2025年底，全国各地的税务局都在进一步加强监管研发费用加计扣除！如贵州遵义税务，用“三化”强化研发费用风险核查；四平市税务局正全链条加强研发加计扣除政策适用管理……

研发费用加计扣除税务稽查高频风险

严格核查下，今年国税局官方已经通报了十几起研发费用加计扣除违规案例，这是历年来通报查处最高的一年。

虚构研发项目（2025年8月通报）

如天津两家关联企业就因虚构研发活动、虚假立项申报骗享研发费用加计扣除优惠被查，其12个研发项目立项书模板化，缺失研发辅助账，终依法追缴税款、滞纳金并处罚款。

虚列研发人员（2025年7月通报）

如浙江宁波某科技公司将客服人员虚列为研发人员，被调整费用并追缴税款、滞纳金及罚款148.96万元。

像此类案例层出不穷，以下方面也是今年研发费用税务稽查常见风险点，企业应高度重视！

研发活动界定模糊、研发费用归集混乱、研发人员工时分配不准确、特殊收入处理不当、其他费用 超限列支、生产与研发费用混同、辅助账缺失、费用化与资本化划分错误、委托研发不符合规定、备查资料不完整等。

2025税务重点抽查的企业

• 不属于研发费加计扣除政策范围的纳税人

• 首次享受或优惠金额异常高的企业

• 从事“负面清单”范畴活动的企业

• 单项费用占比异常，如人工成本畸高

• 研发产出收入未冲减研发费用

• 享受高新优惠却未申报加计扣除

• 符合条件但未享受优惠的科技型中小企业

税局检查的主要方式

1 企业所得税纳税申报表核查：核对《研发费用加计扣除优惠明细表》等报表，验证数据勾稽关系。

2 留存备查资料核查：重点审查备查资料，特别是共用设备、人员及原料的分配依据。

3 高企核查：通过年度普查，核实研发人员、费用的真实性与合规性。

4 统计年报比对：对照企业填报的R&D经费，验证研发投入真实性。

二、2025年底企业急需做好研发费用合规

临近年底，研发费用加计扣除税务核查愈加严格，企业必须立即采取一系列综合措施来确保研发费用的合规性，从而避免不必要的税务风险和经济损失。

01

立刻自查研发费用加计扣除风险

根据税务检查中的研发费用核查注意点进行全流程核查，对企业自身的研发立项决策、项目管理、费用归集与核算、资料管理等全流程进行系统性的自我检查。企业也可借助外部机构出具“研发费用专项审计报告”，从根本排查风险，做好合规。

02

加固研发全流程资料链

依据税务核查要点，整理研发全流程资料链和证据链，进行自查自纠，完善加固备查所需的资料。

03

善用内外部资源，确保税收优惠

1 加强财务、研发、法务等部门人员对研发费用加计扣除政策法规、核算要求及风险点的培训与理解。

2 建议在必要时，如首次申请、重大项目、自查发现复杂问题时，可聘请经验丰富的财税机构，利用其专业能力，精准定位问题，高效完成整改，完善证据链。

3 持续关注国家及地方发布的最新税收优惠政策及监管动态，确保在合规前提下，能够及时、足额地享受各项政策红利。

三、税务检查研发费用核查关键点

那税局会对研发费用加计扣除过程中的哪些事项进行重点核查呢？企业应该重点关注哪些问题进行自查呢？朴税结合历年核查重点进行了全流程梳理。

01

核查加计扣除主体资格

核实企业是否属于负面清单行业（如烟草、住宿餐饮、批发零售、房地产等）。

02

实地走访核查研发真实性

实地了解企业的研发项目的开展情况 ，询问研发部门负责人等，分析企业是否真实开展研发活动。

1.审核项目计划书、立项决议文件，研发费发生的时间是否在立项研发的时间内？

2.判断研发项目是否符合政策定义的研发活动。审核是否属于不适用研发费用加计扣除的活动？

03

核查委托、合作、集中研发状况

1.审核经登记的委托或合作研发合同，核实对方资质，明确合作类型。

2.委托研发合同是否经科技主管部门登记；委托境外研发是否有备案登记。

3.审核集中研发项目的费用分摊、决算表及辅助账等资料。

04

实地考查企业研发费用的情况

1.对研发机构和研发人员名单的审核

• 是否为直接研发人员（不含管理、后勤等）。

• 共用人员工时记录是否完整、分摊是否合理。

• 核查人员资质、劳动合同、考勤记录。

• 管理人员研发工时占比是否低于50%，且从事活动是否确属研发。

2.对直接投入材料、燃料动力的审核

• 领料单是否注明研发项目。

• 研发产生的下脚料、样品等特殊收入是否冲减研发费用。

• 材料消耗记录是否完整匹配,燃料动力是否独立核算或合理分摊。

3. 折旧费用与长期待摊费用审核

审核设备、仪器的使用记录与分摊方法；加速折旧是否合规；房屋折旧/租赁费一般不计入。

4.模具、工艺装备开发及制造费用审核

确认用于中试或试制，核对模具数量、摊销及处置情况。

5.样品、样机及一般测试手段购置费审核

确认用于研发试验，关注是否构成产品出售。

6.用于试制产品的检验费的审核

确认属于研发产品检验，审核检验机构资质与报告。

7.对无形资产摊销费用的审核

确认摊销对象是否符合要求；共用无形资产需合理分摊；避免已费用化部分重复计入摊销。

8.对其他相关费用的审核

如差旅、会议费等需与研发直接相关，且总额不超过可加计扣除总额的10%。

05

关注是否取得与研发有关的财政补贴

核查企业是否取得研发相关财政补贴，是否已按规定处理（如计入加计扣除基数），并关注为获取补贴而虚构研发项目的风险。

06

关注未按规定资本化的情形

审核企业是否按规定区分研究阶段与开发阶段，合理进行费用化或资本化处理，避免应资本化的费用在当期全额扣除或重复计算。

07

审核研发支出辅助账设置

检查是否按项目设置研发支出辅助账并准确归集费用；核对辅助账、归集表与纳税申报表数据是否一致。

2025高企审计报告5大核心要求

01

高企认定是否一定要进行审计？

政策明文规定：审计报告是硬性门槛

审计报告是高企申报的必要材料！根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号），企业申报高企必须提交以下审计报告：

共计5份报告，以25年高企申报为例：

1.近三年财税审计报告（3份）

即对企业近三个会计年度（2022、2023、2024年）财务状况进行审计，如历史年度已有符合条件的年审报告，申请高新时各提供一份正本即可，无需重新审计。例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。

一般包含下列几项：资产负债表、利润分配表、现金流量表、实际营业收入、会计报表、会计报表附注和财务情况说明书等。

2.近一年高品收入专项审计（1份）

对企业近一个会计年度的高新技术产品收入、高新技术服务收入明细进行审计，并出具专项审计报告。

3.近三年研发费用专项审计（1份）

对企业近三个会计年度的研发费用明细、结构进行审计，并出具专项审计报告

例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。

重点审查指标，决定申报成败

国家对高企认定的审查和监管愈加严格，2024年取消3545家高企资格，增长了1.2倍。

根据各地公告，企业被取消高企资格的主要原因中，研发费用投入强度不达标、高新收入占比不足、科技人员占比不达标合计占据了91%。而这3项核心指标均需通过审计报告验证，若数据逻辑矛盾或证据链缺失，直接导致评分不达标。

例：某科技公司因研发费用归集错误被驳回

某企业2021年申报高企时，研发费用专项审计报告中列支了200万元“外包研发费用”，但未能提供对应的技术合同、验收报告及资金流水，被专家认定为“证据链不完整”，最终研发费用核减50%，导致占比不足5%而被否决。

防范税务风险，避免事后追责

若审计报告存在研发费用错误、高品收入界定错误等问题，很可能申请失败，或在后期的核查中被取消资质甚至遭受行政处罚。企业应当更加重视高企的财务数据和审计报告的合规性，确保真实、准确、完整。

02

高企审计报告的5大核心要求

目前正是2025高企申报的关键时期，企业务必要关注审计报告的5大核心要求，出具符合高企条件的合规的审计报告。

01 高企评审重点关注5大财务板块

高企申报过程中，企业需要提供近三年的年度审计报告和财务说明书，以下是一些关键高企评审财务重点指标：

1.销售收入（重点打分项）：销售收入=主营业务收入+其他业务收入，此数据用以测算企业连续三年的营业能力。测算公式为：销售收入增长率＝1/2（第二年销售收入÷第一年销售收入＋第三年销售收入÷第二年销售收入）－1

2.净资产（重点打分项）：净资产是属企业所有，并可以自由支配的资产，既所有者权益，此数据用以测算企业连续三年的净资产增长率。测算公式为：净资产增长率＝1/2（第二年末净资产÷第一年末净资产＋第三年末净资产÷第二年末净资产）－1

3.利润总额：利润总额是税前利润，反映了企业经营的整体成果，是衡量企业经营业绩的重要指标。

4.研发费用：研发费用指为获取新科技知识或改进产品、工艺而发生的费用，用于核查企业近三年的研发投入是否符合高企申报要求。

5.总收入：总收入为收入总额减去不征税收入，是衡量企业高新技术产品收入占比的关键数据。收入总额及不征税收入按《企业所得税法》计算。

02 高新技术产品（服务）收入专项审计

包括申请前一年度企业产品（服务）收入情况表和申请前一年度高新技术产品（服务）收入明细表，编制原则和方法，以及说明。具体表格如下图所示：

1.高新技术产品（服务）的界定：高新技术产品（服务）必须符合《国家重点支持的高新技术领域》的要求，且具有明确的技术创新性和知识产权。

2.高新技术收入的核算：企业需确保高新技术收入的确认符合会计准则，收入来源清晰，合同、发票等支持性文件完整。

3.高新技术收入的占比要求：企业近一年高新技术产品（服务）收入占同期总收入的比例不低于60%

03 研发费用专项审计

高新技术企业专项审计涉及研发费用的部分，主要是近三个会计年度研发费用结构明细表、近三个会计年度研究开发费用汇总表，以及近三年研究开发费用总额占销售收入总额比例情况表，编制原则和方法，以及说明。

1.按研发项目归集年度研究开发费用（实际发生额）明细表

2.近三个年度研究开发费用汇总

3.研发费用占比

1.研发费用的归集范围：研发费用的归集范围严格按照《高新技术企业认定管理工作指引》的要求，包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用、无形资产摊销、设计费用、装备调试费用、委托外部研究开发费用等。

2.研发费用的核算要求：企业应建立完善的研发费用核算体系，确保费用的确认和计量符合会计准则和高企认定要求。如，研发人员的工资和福利应根据实际参与研发项目的时间进行合理分摊。

3.研发费用的占比要求：企业近三个会计年度的研发费用总额占同期销售收入的比例需满足以下要求：最近一年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于5%；5000万元至2亿元的企业，比例不低于4%；2亿元以上的企业，比例不低于3%

04 审计报告附件的其他内容

审计报告当中通常会有“其他事项”，比如近3年财务报表审计报告出具情况及审计意见，高新技术产品（服务）收入明细表的编制说明，以及辅助账补充资料明细等。

研究开发辅助账明细是作为企业研发费用归集依据提供给会计师事务所审计使用，无需附在专项审计报告内。会计师事务所须在该栏目中披露企业是否在会计核算上设立“研究开发费用”专户核算，或是否提供研发费用辅助账。

如果企业首次申请认定前在会计核算上未设立“研究开发费用”专户核算，须提供按规定要求的表格。规定表格如下图所示：

05 财务数据“三表一致”

高企申报要求“三表一致”，就是年审、研发费用专审、汇算清缴中涉及研发费用数据要求基本一致。

（1）年审：利润表、财务报表附注；（2）研发费用专审：研发费用汇总表；（3）汇算清缴：期间费用明细表A104000、加计扣除优惠明细表A107012、高新技术企业优惠明细表A107041。

“三表一致”实际上指的是研发费用在三表之间存在一定的逻辑关系，三表一致指的是研发费用在三表合计额的基本一致，并非是必须要数据完全一致。因为年审、研发费用专审、汇算清缴采用的是不同的申报口径，故很多企业这“三表”中的研发费用并不会完全一致。

03

高企审计的注意事项

许多企业在准备高企审计报告时，常常因忽视细节而导致审计报告无效，导致高企认证失败。因此，企业在开展高企审计时，必须要注意以下事项：

审计报告格式需符合规范

年度审计报告和专项审计报告须经备案并含有备案二维码，相关要求如下：

01 会计师事务所：2022年10月1日起，会计师事务所提供的审计报告(包括财务报表审计报告、专项审计报告等)应附有经财政部注册会计师行业统一监管平台(http://acc.mof.gov.cn/)备案的二维码和报告编码，申报企业支付审计报告费用的发票备查。

02 税务师事务所：自2023年7月1日起，经行政登记设立并加入中国注册税务师协会的税务师事务所出具的涉税业务报告，报告首页须带有经中税协信息服务平台（http://www.ecctaa.com）备案的二维码。

除此之外，中介机构出具的审计（鉴证）报告还须符合：

1.年度审计报告：格式需符合《中国注册会计师审计准则第1510号》第21条，内容涵盖所有规定要素。

2.专项审计报告：格式需符合《高新技术企业认定专项审计指引》（会协〔2008〕83号）。

3.法规依据：需满足《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）和《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号）的要求。

4、注意事项

结论明确：审计报告结论应清晰明确，便于审核。

签字盖章：报告需由两位以上注册会计师或税务师签字盖章。

会计准则一致：专项报告、财务审计报告和纳税申报表依据的《企业会计准则》、《小企业会计准则》、《企业会计制度》应保持一致。

日期逻辑：审计报告日期不得早于财务报告日期。

财务报表签字：企业财务报表需由企业负责人或财务负责人签字盖章。

编制主体：企业财务报告不应由审计机构作为编制主体盖公章

研发费用明细表：《企业年度研究开发费用结构明细表》需企业签字盖章，填报时间不得晚于报告出具时间。

数据一致性：研发费用数据在不同报告中应一致，如有差异需提供合理性说明。

审计机构资质必须达标

注意：高新规定只有符合高新要求的高新审计机构出具的报告才有效，如果企业选错了机构需要重新出具报告，所以一定要谨慎选择。

企业应按照《认定办法》和《工作指引》的规定，选择符合以下条件的中介机构出具专项审计报告或鉴证报告。

1.具备独立执业资格，成立三年以上，近三年内无不良记录；　　

2.承担认定工作当年的注册会计师或税务师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上；　　

3.相关人员应具有良好的职业道德，了解国家科技、经济及产业政策，熟悉高新技术企业认定工作有关要求。　　

4.出具专项鉴证报告的审计机构，必须是在省科技厅公布的已备案机构。

其中，会计师事务所应在近三年无受行政处罚、公开谴责、监管警示等不良记录，税务师事务所原则上其涉税专业服务机构信用积分（指国税总局《涉税专业服务信用评价管理办法(试行)》政策中“涉税专业服务信用积分”，下同）应不低于200分。

企业如何高效准备高企审计报告？

例：智能制造企业整改后高企申报成功

2023年，该企业因研发费用归集混乱和高品收入界定模糊被否决。2024年，企业根据专业财税机构的建议整改实现逆袭。

规范研发费用核算：建立研发支出辅助账，按项目归集费用，明确研发设备使用协议，补充委托研发合同及发票。

清晰界定高品收入：筛选6款核心自研产品，整理销售合同技术参数，编制高品收入明细表。

选择专业审计机构：提前3个月启动审计，确保数据调整时间充裕。

最终，研发费用占比从4.1%提升至5.3%，高品收入占比从58%提升至67%，企业以82分顺利通过认定。

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