TBtools | 保守 Motifs 到底属于哪个结构域

写在前面

TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced)


几乎覆盖了基因motifs,exon-intron结构,保守结构域的所有可视化需求。

但是,在实际数据分析过程中,往往还可能存在另外的问题。

左图为Motifs,右图为保守结构域,那么问题来了。

哪些 motifs 对应哪些结构域*?

Emmm... 我相信,这是一个不少人感兴趣的问题,但是,如何更好地去查看两者的Overlap,却似乎市面上没有可用工具。
但,事实上,JIGplot 使得用户完全可以实现这一功能。

得到上述图片


如实,还是原来的文件:

  1. 进化树文本
  2. motifs信息
  3. 重命名信息,可选项
  4. 结构域信息,了解 TBtools 的,应该清楚 Simple Biosequence View 的输入文件格式

为了更方便演示,去除 Fill in Gradient Mode

调整 Motifs Panel

于是看到元件信息


将高度 Height 调整为原来的一半,


增加当前 Height 的一半值到 StartY,【注:即下移高度的一半】


于是得到


调整 Domain Panel

类似的操作,不过最后一步上移高度的一半


移动 Domain Panel

Emmm...键盘摁住Ctrl,鼠标拖拽,保证平移【注:也可以直接通过Edit Panel,设置两个Panel有相同的 StartX,从而合并】

于是,合并完成


进一步微调,可得到


这张图,感觉还是不错,起码说明了一些问题:

  1. Motifs 就是 Motifs,并不全是 Domains 的部分,反之亦然
  2. Domain,保守结构域 ,本身就是保守,所以必然是覆盖了一些Motifs或者Motifs的部分
  3. Domain 预测不到,或者 Domain 不完整,不代表不存在,可能只是算法敏感度的问题【注:这也是为什么基于结构域的挖掘,常常会漏掉一些成员】
  4. 即使没有专门的 Domains,成员也可能有保守的 Motifs,而这些 Motifs,本身或许是未知 Domains。

总的来说,筛选成员,要全面且准确,多个信息综合看必不可少。

写在最后

工具,总归还是要知道其用法的人才能用得顺畅。
简而言之,

知其道,用其妙!

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,457评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,837评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,696评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,183评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 61,057评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,105评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,520评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,211评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,482评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,574评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,353评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,213评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,576评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,897评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,174评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,489评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,683评论 2 335