用于TCMSP 找不到的目标中药的补充。
参考:
中药复方网络药理学:9. 1 TCMSP找不到目标中药怎么办?(一)
原则
1)进行靶点预测时,不要将TCMSP 数据库与其他数据库混着用。不同的平台算法不同,得到的结果也存在差异。
2)TCMSP 数据库药物信息大部分来源drugbank, 还是比较可靠。
化源网
可以直接搜索相应的中药。
缺点是搜索到的结果都是单体,难以归类。
上海有机所化学专业数据库
http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.asp
提供类似TCMSP 的| 中药与有效成分数据库 |
Swiss数据库
https://www.jianshu.com/p/35c8645b12a5
除了靶点预测之外,还有一个ADME 预测数据库。
http://www.swissadme.ch/index.php
swiss的筛选标准一般是类药性中至少有两个yes。且
GI absorption
需要为high
如果对于药物作用部位有特殊要求,如治疗脑病,则还需要考虑其他参数,如BBB等。
一般swiss 数据库结果可以作为TCMSP 不足的首选。
BATMAN-TCM数据库
BATMAN-TCM数据库 http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/
非常可爱的logo,戴了叶子的batman (hhh
优点是提供了网络化分析与KEGG和gene ontology 的额外分析。
缺点是靶点不如TCMSP 来的全面。
ETCM 数据库
比较新的数据库,个人感觉界面设计挺不错的。
涉及到的内容应该是最全面的了,还包括一些中医药的说明。
数据库来源:TCM-MESH, HIT, TCM-ID
但是药物成分和药物靶点信息还是少了许多,目前来说参考文献不大。
YaTCM 数据库
http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home
提供多种分析方式,但目前似乎无法使用。
通过论文查找
一般找综述类文章且发表在权威期刊上的文章。
ps: 除此之外还有一个中国国家基因组科学数据中心做的生物类数据库目录。对于数据库整合和数据库查找,看起来还是不错的。
https://bigd.big.ac.cn/