TCMSP 以外的天然药物性质查询数据库

用于TCMSP 找不到的目标中药的补充。
参考:
中药复方网络药理学:9. 1 TCMSP找不到目标中药怎么办?(一)

原则

1)进行靶点预测时,不要将TCMSP 数据库与其他数据库混着用。不同的平台算法不同,得到的结果也存在差异。
2)TCMSP 数据库药物信息大部分来源drugbank, 还是比较可靠。

化源网


可以直接搜索相应的中药。
缺点是搜索到的结果都是单体,难以归类。

上海有机所化学专业数据库

http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.asp

提供类似TCMSP 的| 中药与有效成分数据库 |

Swiss数据库

https://www.jianshu.com/p/35c8645b12a5
除了靶点预测之外,还有一个ADME 预测数据库。
http://www.swissadme.ch/index.php


swiss的筛选标准一般是类药性中至少有两个yes。且GI absorption需要为high

如果对于药物作用部位有特殊要求,如治疗脑病,则还需要考虑其他参数,如BBB等。

一般swiss 数据库结果可以作为TCMSP 不足的首选。

BATMAN-TCM数据库

BATMAN-TCM数据库 http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/


非常可爱的logo,戴了叶子的batman (hhh
优点是提供了网络化分析与KEGG和gene ontology 的额外分析。
缺点是靶点不如TCMSP 来的全面。

ETCM 数据库


比较新的数据库,个人感觉界面设计挺不错的。
涉及到的内容应该是最全面的了,还包括一些中医药的说明。
数据库来源:TCM-MESH, HIT, TCM-ID
但是药物成分和药物靶点信息还是少了许多,目前来说参考文献不大。

YaTCM 数据库

http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home


提供多种分析方式,但目前似乎无法使用。

通过论文查找


一般找综述类文章且发表在权威期刊上的文章。

ps: 除此之外还有一个中国国家基因组科学数据中心做的生物类数据库目录。对于数据库整合和数据库查找,看起来还是不错的。
https://bigd.big.ac.cn/

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,445评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,889评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,047评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,760评论 1 276
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,745评论 5 367
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,638评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,011评论 3 398
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,669评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,923评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,655评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,740评论 1 330
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,406评论 4 320
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,995评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,961评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,197评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,023评论 2 350
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,483评论 2 342