1.首先删除已经导入的文件
Edit--delete--delete all molecules---continue
2.然后
Analyze--Docking--open--找到刚才的最终结果打开--确定
3.再打开蛋白质分子
Analyze-Macromolecule--open确定--找到文件下面的protein.pdbqt
现在小分子的位置是docking之前的位置
4.看docking之后的位置
Analyze--Conformation--play.tanked by energy---
出现一个进度条，将结果按能量由低到高显示出来
（灰色位于蛋白质中部）
点play可以看到前50个对接结果
5.点击Analyze--Clusterings--show--
看各个能量分组下的docking的个数，
6.看排名第一的docking结果的状态，
把进度条数字调成1，回车--Analyze--Docking--Open--show interaction
这是可以看到小分子与蛋白质上的那些氨基酸docking了（这个图可以发表）还会列出产生氢键的位置--
7.保存排名第一的状态，要删除除小分子以外的全部物质
Edit--Delete--Delete Molecular-删掉除小分子以外的其他物质（protein）--确定
在点击file--save--write pdb--选择保存的目录和文件名（rank1.pdbpdb）--ok
这样文件夹下面就有了对接的pdb文件了。
用记事本打开rank.pdb文件
把里面的内容（不包含第一行）拷贝到，protein.pdb文件（用记事本打开）的最后（注意：END的前面）。
