所周知，基因家族分析是一个研究思路，同时也可以自成一篇文章。不过大部分基因家族套路式文章影响因子在2-4分，但最近一篇小麦MADS-box家族文章却发表在New Phytologist（7分）上，着实让广大家族基因研究者愤懑不平好半天！我的家族分析发2分，他的发7分！就凭他是老外啊？
那么，这篇论文有什么不一样的地方呢？下面我们一起看看文章详细内容吧！
MADS-box基因家族介绍
MADS-box基因家族基因是一类广泛存在于植物中的转录因子，高等植物中MADS基因由4个保守程度不一的区域组成，分别是MADS区、I(intervening)区、K (keratin-like)区和C末端（M-I-K-C domain structure）。
根据系统进化可以把MADS-box分为两类：I型和II型。大多数植物MADS基因，包括所有功能特异的真核生物MADS基因和动物MEF2-like序列命名为II型；一些与动物SRF-like基因更相似的拟南芥MADS基因序列被命名为I型；K结构域只存在于II型植物MADS基因中。
植物界中I型和II型基因的区别主要是MADS结构域不同，I型MADS结构域主要是MADS SRT型, II型MADS结构域主要是MADS MEF2型, II型的MADS域比I型的MADS域更保守。
小麦MADS-box家族鉴定及进化树分析
MADS-box通常有两个保守的结构域：MADS和K结构域（其在pfam数据库中的号分别为：PF00319 and PF01486），作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因，共鉴定出201个M-I-K-C家族成员。
进化树表明家族成员可分成15个亚类，构树时也添加了水稻和拟南芥当中的MADS-box家族基因（下图黑色基因）。
比较基因组分析基因家族在物种间分布
MADS-box基因家族成员在拟南芥和水稻中的成员数量分别是43和45个，拟南芥和水稻的基因组大小相差很大但是家族成员数量相差不大，说明MADS-box家族成员数量还是很保守的。
而在小麦中却有201个，在开花类植物中是最多的。作者推测，这可能是由于普通小麦为6倍体（三套染色体组）基因组的原因，导致家族成员在不同的染色体组之间有同源基因，所以理论上应该是水稻和拟南芥MADS-box基因家族成员的3倍。
因此作者做了小麦中15个亚类家族成员与拟南芥和水稻中的家族成员的分类比值（z-d），发现有些类型基因正好就是3:1的比例。进而分析小麦中MADS-box家族是如何加倍复制形成的。
不同染色体组间家族成员的同源分析
作者通过比较小麦不同染色体组（ABD）中家族成员之间的同源性发现，大多数的家族成员在三个染色体组中具有同源基因（1:1:1 ），但也有些家族成员在某个染色体组中缺失，或者是孤儿基因。
MADS-box基因的染色体分布
对小麦MADS-box基因在染色体的分布区域进行统计（分染色体远端（R1，R3）和近端（R2B，C）），大部分的家族成员分布在远端区域（65%）。
小麦MADS-box基因表达模式
最后做了下家族成员在不同小麦不同组织中的表达（a）。
总结：
这篇文章基因家族的文章为啥能发到7分？和3分的同类文章有啥不一样？这里给大家总结一下：
1、物种特殊：普通小麦有ABD三套染色体组，可以分析不同染色体组间基因家族成员的同源关系。（其他多倍体物种可以借鉴）
2、物种间比较：作者通过比较基因组分析小麦基因组MADS-box家族成员与其他物种间的同源性。
3、比较基因组分析家族成员如何扩张，加倍与形成。
作者分析的思路上升到家族成员的遗传进化关系，而不是简单的鉴定、分类、基因结构再加表达模式这样常规的套路分析；研究方向虽然一样，然而人家有更高层次的认识与更独特的视角，仅这一点，也是值得我们学习的！因此，基因家族要发高分文章，必须要有创新的分析内容，比如本文的家族成员加倍与扩张，染色体组间、物种间同源性等遗传进化上的故事就很值得学习。
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