生信星球学习小组--Day 3

昨天学习了linux的召唤方法和基本的命令行使用,今天我们进入到了conda的学习。
先来了解一下什么是conda

功能:

conda就相当于APP store,可以视为“linux的应用商店”,90%以上的软件可以搜索到,支持一键安装。

分类:

conda 通用包管理系统,可构建和管理任何语言和任何类型的软件
anaconda 打包的集合,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,就是把很多常用的不常用的库都给你装好了
miniconda 主要负责生信领域,只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,用其他库需要自己安装

conda中的关键代码

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search 软件名 搜索conda软件
conda install 软件名 -y 安装软件,(-y是yes,安装中的问题全部回答yes
conda remove 软件名 -y 卸载软件
conda info --envs 查看当前conda环境
conda active 环境名 激活conda环境
conda deactive 退出当前环境
conda create -n 环境名 Python=制定版本 软件名 -y 创建制定Python版本的环境,并安装软件

安装miniconda的方法

1.复制清华镜像下对应版本的miniconda链接(Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
2.wget+链接
3.bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
4.source ~/.bashrc 激活conda
5.添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
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