TwoSampleMR 遇到的坑

第一次尝试医学统计常用的MR,我选择了比较多用的R包,TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样,这里推荐这个网址:https://www.jianshu.com/p/253309a571aa

我基本每一步的坑都遇到了,很感谢作者还有另外微信公众号的作者-陈澜澜一直帮我处理报错。记录一下,以防还有小伙伴遇到。

1.读取包中文件报错:

Error in data.table::fread(filename, header = TRUE, sep = sep) :

Input is empty or only contains BOM or terminal control characters

    解决方法:见网址https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR/blob/master/vignettes/exposure.Rmd

The exact path to the file will be different on everyone's computer, but it can be located like this:

```{r eval=TRUE}

bmi_file<-system.file("extdata","bmi.txt",package="TwoSampleMR")

```

You can read the data in like this:

```{r eval=TRUE}

bmi_exp_dat<-read_exposure_data(bmi_file)

head(bmi_exp_dat)

```

2.dat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)这一步时移除了N页的SNP:

    解决方法:推断exposure中的SNP 没有做clump处理,导致全部读入数据过大。

3.运行bmi_exp_dat <- clump_data(bmi_exp_dat)报错:

    解决方法:

[if !supportLists](1)     [endif]分染色体

[if !supportLists](2)     [endif]或者使用ieugwasr包的ld_clump_local()这个函数

[if !supportLists](3)     [endif]用ieugwasr的那个函数需要你在电脑上下载好reference panal和plink软件的

4.注意clump 超过300 seconds 报错:

    解决方法:Google账号登录,国内可能被墙了。

5.选择local clump报错:

    解决方法:需要下载对应的包,plink bin和参考基因组版本号。

命令行

c<-ld_clump_local(b,clump_kb=10000, clump_r2=0.001, clump_p=1,bfile="/Projects/reference_genome/data_maf0.01_rs_ref.tgz",plink_bin="software/plink")

6.依然clump报错:

    解决方法:注意这个文件b文件应该只包含两列,并且列名分别是rsid和pval,ld_clump_local和clump_data不兼容


这个专题我没有继续更新,因为我看目前网上的资料已经很丰富了。这里推荐两个公众号

--bio生物信息

--生信与临床

其中关于MR部分很详细,还有GWAS文件中beta,zscore等换算。




顺利的话只有三行,不顺利的话,每行都有错。一路踩坑,才爬过来。希望大家可以借鉴。

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