Quarlity control step

### Quarlity control step
#对当前目录下单一fq.gz文件进行fastqc
fastqc -t 12 -o ~/xxx/xxx your_rawdata_name_1.fq.gz your_rawdata_name_2.fq.gz
 
#将当前目录下的所有fq.gz文件进行fastqc
for file in ./*.fq.gz
do
    fastqc -t 12 -o ~/xxx/fastqc_result "$file"
done

#最新简化，直接处理
fastqc -t 12 -o ~/xxx/fastqc_result *_1.fastq.gz  *_2.fastq.gz

Trimming for adaptors (Not required)

### Trimming for adaptors (Not required)
#对当前目录下单一fq.gz文件进行trim_galore
trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 --paired your_rawdata_name_1.fq.gz your_rawdata_name_2.fq.gz
 
#将当前目录下的所有fastq.gz文件进行trim_galore
# 设置输出目录
output_dir="../trimmed"
# 创建输出目录，如果不存在的话
mkdir -p "$output_dir"
# 遍历当前目录中的所有 .fastq.gz 文件
for file in *.fastq.gz; do
    # 执行 trim_galore 命令
    trim_galore -q 20 --phred33 --length 20 -e 0.1 "$file" -o "$output_dir"
done
#更新()
trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 --paired *64_1.fastq.gz *64_2.fastq.gz -o ../trimmed
ls *_1.fastq.gz | sed 's/_1.fastq.gz$//' | parallel -j 5 'trim_galore -q 20 --phred33 --length 20 -e 0.1 --paired --cores 2 -o ~/rna/test/SRR/trim {}_1.fastq.gz {}_2.fastq.gz'

Alignment step

### Alignment step
#对当前目录下单一fq.gz文件进行hisat2及将sam文件转化为bam
hisat2 -p 12 -x <GRCm39.genome> -1 <sample_id>_R1.fastq.gz -2 <sample_id>_R2.fastq.gz | samtools view -Sb > <sample_id>.bam
 
#将当前目录下的所有fq.gz文件进行hisat2及将sam文件转化为bam
declare -a sample_ids=("1-1a" "1-1b" "1-1c" "1-2c" "1-3a" "1-3b" "1-3c" "1-4a" "1-4b" "1-4c" "1-5a" "1-5b" "1-5c")  #括号中为每个样品的文件名                                                                     
output_dir="/home/myname/xxx/xxx/xxx"  # 替换为您实际的输出目录
genome_index="/home/myname/xxx/xxx/xxx/grch38_tran/genome_tran"  # 替换 为您实际的参考基因组索引路径                
# 确保输出目录存在
mkdir -p $output_dir                 
# 遍历样本 ID 数组
for sample_id in "${sample_ids[@]}"; do
  # 生成每一对配对的 FASTQ 文件名
  r1_file="${sample_id}.raw.R1_val_1.fq.gz"
  r2_file="${sample_id}.raw.R2_val_2.fq.gz"                     
  # 生成输出 BAM 文件名
  output_bam="$output_dir/${sample_id}.bam"                           
  # 运行 hisat2 和 samtools                                                       
  hisat2 -p 12 -x $genome_index -1 $r1_file -2 $r2_file | samtools view -Sb > $output_bam
done
#更新
#先用rename重命名（把_1_val和_2_val删掉）
rename 's/(_[12])_val//g' *.fq.gz

ls *_1.fq.gz | sed 's/_1.fq.gz$//' | parallel -j 3 'hisat2 -p 12 -x ~/rna/human/grch38_tran/grch38_tran/genome_tran -1 {}_1.fq.gz -2 {}_2.fq.gz | samtools view -Sb > ../bam/{}.bam'

Counting step

# Counting step
featureCounts -T 12 -p -t exon -g gene_id -a <gtf.gz> -o <sample_id>.txt <sample_id>.bam
#genomic_annotation.gtf.gz文件在当前目录则替换掉<gtf.gz>
#不在当前目录则需要输出文件路径如/home/myname/xxx/xxx/genomic_annotation.gtf.gz

#对当前目录下的单一bam文件进行feaureCounts
featureCounts -T 12 -p -t exon -g gene_id -a genomic_annotation.gtf.gz  -o /xxx/xxx/xxx/sample_id.txt  sample_id.bam
#将当前目录下的所有bam文件进行featurecounts
#合并结果保存一个merged_count.txt中 
featureCounts -T 12 -p -t exon -g gene_id -a genomic_annotation.gtf.gz  -o /xxx/xxx/xxx/merged_count.txt *.bam