1. 测序过程和原理
参考文章:测序的世界
生信基础知识复习之测序
Sanger测序
二代测序
参考:【陈巍学基因】视频1
第二代测序(Next-generation sequencing,NGS):又称为高通量测序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。
flowcell: 测序反应的载体/容器,1个flowcell有8个lane
lane: 测序反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile: 每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的
双端测序: 可能序列比较长有四五百bp,两边各测120-150bp
junction: 双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造:一个lane包含两列(swath),每一列有60个tile,每个tile会种下不同的cluster,每个tile在一次循环中会拍照4次(每个碱基一次)
DNA文库
超声波打断DNA分子→酶补平末端→3‘端加一个A碱基→在两端加上互补配对的adapter→PCR扩增上样
桥式PCR
把文库种到芯片上去,然后进行扩增的过程。
文库两端的序列和芯片上的序列是互补的,会产生互补杂交,-
测序
双端测序之Forward Strand
Index测序
三代测序
参考文章:DNA测序技术的发展:第三代测序技术