【可视作图】MEGA7 构建 NJ 树

MEGA7软件下载及安装

http://www.megasoftware.net/

image.png

支持建树类型

image.png

数据准备

TIR.fasta

>sp|Q9BXR5|HUMAN_TLR10_TIR
CLHFDLPWYLRMLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLE
KEDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNL
FHENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAINV
NVLATREMYELQTFTELNEESRGSTISLMRTDCL
>sp|Q9NR96|HUMAN_TLR9_TIR
GWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECR
GRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLL
EDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHH
FYNRNFCQGPTAE
>sp|Q9NR97|HUMAN_TLR8_TIR
HHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDAYISYDTKDASVTDWVINELRYHLEES
RDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYAKSWNFKTAFYLALQRLM
DENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNPKAEGLFWQTLRNVVLTENDS
RYNNMYVDSIKQY
>sp|Q9NYK1|HUMAN_TLR7_TIR
HLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDAFIVYDTKDPAVTEWVLAELVAKLEDPR
EKHFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKTVFVMTDKYAKTENFKIAFYLSHQRLMD
EKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVLEWPTNPQAHPYFWQCLKNALATDNHVA
YSQVFKETV
>sp|Q9Y2C9|HUMAN_TLR6_TIR
YLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSELVPYLEKE
DIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEG
SNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAAFNMKLTL
VTENNDVKS
>sp|O60602|HUMAN_TLR5_TIR
TKFRGFCFICYKTAQRLVFKDHPQGTEPDMYKYDAYLCFSSKDFTWVQNALLKHLDTQYS
DQNRFNLCFEERDFVPGENRIANIQDAIWNSRKIVCLVSRHFLRDGWCLEAFSYAQGRCL
SDLNSALIMVVVGSLSQYQLMKHQSIRGFVQKQQYLRWPEDFQDVGWFLHKLSQQILKKE
KEKKKDNNIPLQTVATIS
>sp|O00206|HUMAN_TLR4_TIR
KFYFHLMLLAGCIKYGRGENIYDAFVIYSSQDEDWVRNELVKNLEEGVPPFQLCLHYRDF
IPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIVVVSQHFIQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQ
KVEKTLLRQQVELYRLLSRNTYLEWEDSVLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCN
WQEATSI
>sp|O15455|HUMAN_TLR3_TIR
EGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLK
FCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLD
SIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH
>sp|O60603|HUMAN_TLR2_TIR
HRFHGLWYMKMMWAWLQAKRKPRKAPSRNICYDAFVSYSERDAYWVENLMVQELENFNPP
FKLCLHKRDFIPGKWIIDNIIDSIEKSHKTVFVLSENFVKSEWCKYELDFSHFRLFDENN
DAAILILLEPIEKKAIPQRFCKLRKIMNTKTYLEWPMDEAQREGFWVNLRAAIKS
>sp|Q15399|HUMAN_TLR1_TIR
SYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLEK
EGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHE
GSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLT
EQAKK

导入文件

选择Align

image.png

导入成功

image.png

选择比对方法

Alignment > Align by ClustalW > OK > 默认参数

image.png

比对完成

image.png

保存比对结果

File > Export Aligment > MEGA Format > Input tile of the data > 输入 TIR 名称

将保存后的TIR.mega文件导入

TIR.mega双击，弹出MEGA窗口

显示TA按钮

image.png

显示序列

image.png

按C，显示保守区，标黄色

image.png

按V显示非保守区，有必要，可以剔除序列

image.png

按分页按钮，对样品序列名称，重命名为简称，进行分组。

image.png

选择最近邻居法

image.png

确认使用当前数据，

检验方法，默认为空，设为步长检验法；
遗传距离时使用的计算模型，设置 p-distance
如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话，这里需要选择 Complete deletion（全部删除）。
如果是其他方法，比如这里选用的 NJ 方法，可以选择 Partial deletion（部分删除）。删除程度定在 50%，即，保留一半含有空位的列。