故事开始在一个夏天，年仅6岁的萤在一片据说住着妖怪的山神森林里迷了路。她到处奔跑寻找出口，最后在筋疲力竭的情况下，她承受不住孤独和恐惧，一个人抱膝蹲在草地上放声大哭。
这时，银出现了。他戴着面具躲在一棵树后面小心翼翼地探出头来，问道:“喂，小不点儿，你在哭什么呢？”
萤看到银立马欢呼雀跃地边跑边喊“是人啊，得救了”，可就在萤差点扑到银时，银扭身躲开了萤的猛扑，一句“抱歉，你是人类的孩子吧？”道出了他不是人类的秘密，
“我一碰到人类就会消失。”
这时候的萤还不懂得“消失”是什么意思，她又向银扑了好几次终究都被银躲开了。
那时候的银也还不想被人类触碰，最后一次萤扑过来的时候，他用树枝把萤打倒在地。
“消失就是灭亡的意思。”
“对不起。”萤得知事情的严重性后郑重地向银道了歉。
之后银准备用树枝带着萤走出森林。当然，萤一开心又没了顾忌再一次扑向了银，也再一次被银用树枝打倒在地。
萤和银两个人各自牵着树枝的一头，手拉手一样走下了最后的台阶，萤感叹地说着“感觉像约会呢”，银漫不经心地回了一句“没情趣的约会呢”。
之后两个人互换了姓名并约定第二天再见。
第二天，银在台阶那等着萤，萤开心地再一次扑了过去，想当然地再一次被银用树枝打倒。
之后的每一天，他们都在山神森林约见面。
他们一起吃冰棍，一起在河里放叶子做成的小船，一起玩游戏……总之他们很开心，即使是微不足道的小事，也开心地不得了。
可开心的日子总是短暂的，萤这次来这里是过来看爷爷的，可她就要走了。
本是分别的时刻，却因为银的一句“明年还能来么？”萤竟变得开心了起来。
此后，萤开始期待夏天的到来。
再一次见面，是第二年的夏天。
萤倒挂在树上准备吓银，可是一不小心却摔了下来，银的第一反应是接住她，可在碰到她的那一刻前又收回了手，他本想开口道歉，可萤却笑着说:
“太好了，不论发生什么，一定不要碰到我哦，说好了哦，一定哦。”
之后的每一年，萤都来这和银见面，而萤也慢慢从小学生变成了初中生，然后变成了高中生。
而萤，也开始在除了夏天之外的春天，秋天，冬天里想念银，想见银，想触碰银。
再一次见银，萤说想在这里工作，然后就可以永远和银在一起了，无论秋天，冬天，还是春天。
银没有答话，却向萤解释了自己的情况。他从小被父母抛弃在森林里，山神怜悯他，所以用妖术让他能继续活下去，成了幽灵般的存在。可是他的身体却十分脆弱，一旦被真正的人类的肌肤碰到就会消失。
银说:“萤，你可以忘掉我的，没关系。”
可萤是不愿意忘掉银的，她也不愿意银忘掉她。她对银说:
“银，不要忘了我哦。”
总有一天，时间会将我们分开的吧。但是，即便如此，在那个时刻到来之前，我们都要在一起哦。
之后银邀请萤参加妖怪们的夏日祭典，萤有些害怕，银安慰似的对萤说“我会保护萤的”，
萤顿时羞红了脸，“你这么说的话，我会想扑过去的。”
“那就扑过来吧，我是说真的。”
到了晚上，萤果真来了。银为了防止萤走丢，用布条把两个人的手腕绑了起来。
“好像约会呢”
“就是约会呢。”
看完了祭典，银和萤走在河边，“萤，我已经等不到夏天了，一跟你分开，就算拨开人群，我也想去见你。”
之后，银把面具戴到了萤的脸上，并在面具上落下深情一吻。
萤不知所措，她想，明年夏天银就不会再来这个地方了吧。
这时，两个小孩子追逐着跑了过来，落在后面的男孩子差点摔倒，银顺手就把他扶了起来。
可慢慢的，银的手开始发出光来，这时银才意识到刚才碰到的是人类。可银并没有害怕，他反而笑了，张开双臂，
“萤，来吧，我终于可以碰到你了。”
萤立马扑了上去，和银抱在了一起。
大喜之时亦是大悲之时，萤终于扑到萤怀里了，可银也消失了。
“暂时，我一定无法再期待夏天了吧。”
故事到这就结束了。
可片尾曲这样唱到:
“无论何时，
都会怀念，
那时金黄色照亮着不经意的每一天的角落，
夏天一定会再来的。”
嗯，夏天一定会再来的。
