kofamscan Conda 安装

step 1 : conda安装 kofamscan 及其依赖

# 切换到需要安装的环境
source activate kofam_env
# conda安装
conda install -c bioconda kofamscan

conda 会自动安装软件需要的依赖 hmmer ruby parallel 等软件，
以及kofanscan 软件

The following NEW packages will be INSTALLED:

  gmp                pkgs/main/linux-64::gmp-6.2.1-h295c915_3
  hmmer              bioconda/linux-64::hmmer-3.3.2-h87f3376_2
  kofamscan          bioconda/noarch::kofamscan-1.3.0-hdfd78af_2
  parallel           bioconda/linux-64::parallel-20160622-1
  perl               pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0
  perl-threaded      bioconda/noarch::perl-threaded-5.32.1-hdfd78af_1
  ruby               pkgs/main/linux-64::ruby-2.5.1-haf1161a_0
  yaml               pkgs/main/linux-64::yaml-0.1.7-had09818_2

step 2 : 下载数据库 (https://www.genome.jp/ftp/db/kofam/)

wget https://www.genome.jp/ftp/db/kofam/ko_list.gz
wget https://www.genome.jp/ftp/db/kofam/profiles.tar.gz
# 解压
gunzip ko_list.gz 
tar xvzf profiles.tar.gz  

如果不行就本地下载再上传吧

kofamscan 的使用

source activate kofam_env
exec_annotation -h