批量处理cellranger

为了便于处理，选择用循环cellranger count和cellranger vdj来分别处理转录组和TCR文件，而非用cellranger multi

别忘了修改Fastq文件名，这样可以不用aggr

对于GEX文件：

genomedir=/home/user/*/refdata-gex-GRCh38-2020-A
datadir=/home/user/*/GEX
 
sample='A_0211 B_0412 C_0512'#样本名，用空格间隔
date
for s in $sample
do
date
cellranger count --id=${s}_count_out --fastqs=$datadir/$s --sample=$s --transcriptome=$genomedir --nosecondary --localcores=8 --localmem=32
date
wait
done

对于TCR文件

genomedir=/home/user/*/refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-7.1.0
datadir=/home/user/*/TCR
 
sample='A_0211_TCR B_0412_TCR C_0512_TCR'
date
for s in $sample
do
date
cellranger vdj --id=${s}_vdj_out --reference=$genomedir --fastqs=$datadir/$s --sample=$s --localcores=8 --localmem=32
date
wait
done

可以用vim创建sh文件
如果没有权限，可以用chmod 764 test.sh赋权
然后./tesh.sh就可以运行啦