2019.04.19
jbrowse centos安装过程
安装apache
1.安装
yum -y install httpd
2.开启apache服务
systemctl start httpd.service
3.设置apache服务开机启动
systemctl enable httpd.service
4.验证apache服务是否安装成功
在浏览器中输入IP地址，出现testing123就证明安装成功
安装前配置
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker
在Apache环境下安装，在/var/www/html/ 操作
curl -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.4-release/JBrowse-1.16.4-desktop-linux-x64.zip
unzip JBrowse-1.12.3.zip
将解压后的文件夹改名
mv JBrowse-1.12.3 jbrowse
cd jbrowse
./setup.sh
等待时间有点长
安装结束时会提示访问的ip地址
注意我们安装的根目录是ip/jbrowse
格式化序列文件
bin/prepare-refseqs.pl --fasta /pub1/dl/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa
格式化注释文件
bin/flatfile-to-json.pl --gff /pub/dl/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.36.abinitio.gff3 --trackLabel 'GFF3 Annotations'
更改数据文件名
mv data Arabidopsis_thaliana
使用新地址访问，data后面填写的就是文件夹名称
http://ip地址/?data=Arabidopsis_thaliana