Oncomine

莎莎写于2020.5.14✍作为单元课第一个要学的数据库:Oncomine 我竟然不知道它,而且拖到现在都没有去学,果然出来混都是要还的嘤嘤嘤😄实验部分刚开始进行,生信这边也不能丢到一边不管,毕竟是和老师说过我的宏图壮志的,怎么能就这么说过了就不管了呢。所以还是要抓住时间赶紧先学起来💪

Oncomine网址:https://www.oncomine.or

1.注册与登录

第一次打开,是这样的

主页面介绍

注册

我打开了注册界面

注册成功

image.png

但是我用我的学校邮箱没有注册成功,不知道什么原因~

后续:昨晚一直在和Oncomine的Support发邮件问我为什么没有收到邮件,弄了好久,发邮件发了5个来回,今天终于收到邮件了,太开心了!


终于收到邮件了!

那么下面就可以进行正式的操作啦~

登陆进去

自动跳转了提示你改密码的界面

改密码成功

然后就是Oncomine会给你发一个密码修改成功的邮件,然后就可以正常使用了,下次登陆的时候就可以用新修改的密码登录就好啦~🤭


确认修改密码的邮件

开心~

已登录

可以正常使用啦~

3.核心功能:基因表达差异分析

应用1
检索基因表达谱差异(乳腺癌为例)
image.png

image.png

可以多勾选几个研究结果进行比较

image.png

应用2

可以直接点击左边的Breast Cancer

image.png

image.png

image.png

2.核心功能:基因表达与临床相关性

以CPSF7为例:
image.png

image.png
在Excel中,表头输入:表达值 组织类型 样本编号 生存状态
image.png

image.png
然后在表一 用VLOOKUP函数查找

有了基因表达,生存状态以及随访时间,就可以进行生存分析了,常用的生存分析有生存曲线和COX回归;还可以把年龄,复发状态,病理分期等数据摘录下来,做单因素和多因素的分析。Oncomine也可以在线分析:

image.png

还有很多功能可以在GROUP BY中选择

4.基因共表达分析

image.png

5.利用生存分析的数据绘制生存曲线

输入数据:
image.png

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,088评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,715评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,361评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,099评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 60,987评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,063评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,486评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,175评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,440评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,518评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,305评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,190评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,550评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,880评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,152评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,451评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,637评论 2 335