DARwin6 can be directly downloaded from the web site http://darwin.cirad.fr/
应该是没有发表正式文章
貌似可以以进行聚类分析为主，还可Principal Coordinate analysis，引物从原始数据到聚类文件输入文件-计算dissimilarities-得到树文件
建树流程
现在就是明白软件的对于基因型SSR数据的输入格式，软件以.var 格式作为软件的输入格式，其格式具体内容如下：
1 2 3 行都是一些特定的描述，之后为你的数据
var格式
输入文件 .VAR components`具体的数据格式包括:
Single data： 显性数据。单倍体数据，0/1格式数据
Sequence data：序列数据
本实验为带有基因型的SSR数据，即是软件中的
Allelic data: 第一行需表明倍性，第二行位点数和等位基因树
Allelic data.png
最方便得到.var文件就是预先处理自己文件为一下这种文本格式,本次将999作为missing data
DataMatrix
然后import这个文件即可，会输出Var格式的文件作为标准的软件输入格式文件，可选择什么作为missingdata。这种情况会清除DataMatrix里的对于样本的命名，重新按顺序从1开始进行命名，很不友好，尝试自己将DataMatrix更改为var格式，是可以的只要第一列即样本列只是数字即可，后续进行转换吧。重命名后也会很迷惑，还是使用原文件DataMatrix用软件转换成var吧，之后的树形文件中的标签可以直接使用itol进行更改
import
输入文件 .AFT 文件
计算PCA时的输入文件，不关注
中间文件 .DIS 文件
计算得到的dissimilarity matrix 可从其他软件计算得到，应该也可以从var文件中使用DARwin计算得到。
image.png
如何计算dissimilarity matrix
image.png
image.png
而对于missing data如何进行操作，可删除整个样本或整个位点，一般选择第三个选项也是默认。
然后设置bootstraps，点击右上save即可，得到dis文件
结果文件 .ARB
应该时对树形文件的描述，看不懂
image.png
然后就可以使用itol等软件进行编辑了。
