众所周知，人体的很多部位都定植了各种各样的微生物，像眼耳口鼻等这些和外界相通的部位。其微生物数量比人体细胞的总数还要多。那定植了哪些微生物呢？
（1）口咽部（举例）
需氧及兼性厌氧的革兰氏阳性球菌：葡萄球菌属（凝固酶阴性的葡萄球菌、金黄色葡萄球菌等）、链球菌属（甲型溶血性链球菌、肺炎链球菌）、肠球菌属（粪肠球菌、屎肠球菌）、微球菌属（藤黄微球菌）。其中以甲型溶血性链球菌占多数。
厌氧的革兰氏阳性球菌：以消化链球菌、消化球菌属占多数。
需氧及兼性厌氧的革兰氏阴性球菌：以非致病性的奈瑟菌属为主；
厌氧的革兰氏阴性球菌：以韦荣球菌为主。
需氧及兼性厌氧的革兰氏阳性杆菌：棒状杆菌属（类白喉棒状杆菌）、非结核分枝杆菌属；
厌氧的革兰氏阳性杆菌：乳酸杆菌、优杆菌；
需氧及兼性厌氧的革兰氏阴性杆菌：肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌等肠杆菌科；铜绿假单胞菌（假单胞菌科假单胞菌属）、鲍曼不动杆菌（莫拉菌科不动杆菌属）、卡他莫拉菌（莫拉菌科莫拉菌属）这些非发酵菌；以及流血嗜血杆菌等；
厌氧的革兰氏阴性杆菌：脆弱拟杆菌；
当然还包括其他非典型的细菌，比如肺炎支原体、肺炎衣原体；还有病毒、真菌等等。
为什么口咽部定植了这么多种的细菌？为什么有些细菌多有些细菌少，有些多了就会致病，是什么样的原因选择了这样的结果？
在回答这个问题之前，首先，要搞明白呼吸道的菌群来源，主要就是空气，空气中微生物的分布是如何的；这些空气中微生物“接种”到我们人体“培养基”上，哪些菌表现出更好的生长优势，这是我们人体筛选的结果。
如图所示，空气中有各种各样的微生物，当人一出生，呼吸的第一口新鲜空气，就将这些微生物接种到人体的呼吸道中并定植下来。定植下来以后，其原来的构成比就会发生新一轮的变化。原来空气中占比最高的是微球菌属（41%），其次是葡萄球菌属（11%）。但在口咽部优势菌就变成了甲型溶血性链球菌（原来只占3%）以及消化球菌、消化链球菌属等厌氧菌（原来只占3%）。
首先，这其实跟菌的遗传特性相关，这决定了其生长特性；空气中的构成比，更多的是跟菌的抵抗力相关，谁的抵抗力强就能在空气中存活更久，而在人体内，更多的是生长特性。其次，人体免疫筛选的结果，比如黏膜屏障分泌的抗菌肽也在不断筛选这些细菌。如果是金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流血嗜血杆菌这些毒力强的菌占优势的话，那么势必会激发人体的固有免疫和适应性免疫，把这些毒力强的菌重新打趴下去。
因此，定植在人体上的微生物生态系统，才会达到一个相对平衡的状态才能不致病，即菌种的多样性以及彼此之间菌量的恒定。之前有个错误的认知，以为正常定植在人体的菌群就不会互相传染，但事实往往不是。像肺炎支原体、肺炎衣原体、肺孢子菌这些都是正常定植在人体呼吸道中，如果接触感染患者久了，我们吸入接种了过多这种病原体导致原来处于少数的菌种生长为优势，破坏了原有的平衡，就会致病，只不过不同的微生物传染高低有差异而已。
