在上一步确定好候选区间后，需要找到候选区间内的基因，即候选区间和参考基因组取交集，用到的工具是bedtools。
关于bedtools的详细用法，推荐这篇文章，介绍的很详细，需要的自取：
https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/
0.下载安装
各版本的安装包下载链接：https://github.com/arq5x/bedtools2/releases
$ tar xvf bedtools-2.25.0.tar.gz
# 进入目录
$ cd /your/path/bedtools2
#安装
$ make
bedtools现在不太好装，推荐用conda解决。
1.准备区间位置文件
11.GWAS：确定候选区间 - 简书 (jianshu.com)
将上一步计算得到的候选基因区间整理为.pos文件，格式如下：
其中第一列为染色体，第二列为区间起始位置，第三列为区间终止位置。
candi_range.pos
2.对位置文件和gff文件进行排序
bedtools的输入文件必须先进行排序再计算，否则会报错：
$ cd ~/bedtools2-2.25.0/bin
$ bedtools sort -chrThenSizeA -i candi_range.pos > candi_range_sort.pos
$ bedtools sort -chrThenSizeA -i genome.gff3 > genome_sort.gff3
3.在基因组范围内查找候选区间中的候选基因
$ ./bedtools intersect -a candi_range_sort.pos -b Cmo_sort.gff3 -wb > candi_gene.pos
查看结果：
candi_gene.pos
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