默认情况下公司交付的BAM文件只含有CpG/CG methylation 甲基化信息,而没有CHG
CHH甲基化信息。
交付数据时需要提前和公司商量好,交付完整的BAM文件
完整的鉴定流程如:
hifimeth
可以鉴定出
CG
CHG
CHH
甲基化信息
https://github.com/xiaochuanle/hifimeth#warning-critical-required-pacbio-revio-sequencing-settings-for-methylation-detection