有人想看：通过TCGA数据挖掘找到一个lncRNA，然后用于后续实验研究的发文思路。现在这样的发文思路已经来了，文章发表在Frontiers in Pharmacology上，影响因子：4.225，中科院分区：2区，参考文章来源：PMID: 33362537，DOI: 10.3389/fphar.2020.560543。
参考文章题目：Knockdown lncRNA DLEU1 Inhibits Gliomas Progression and Promotes Temozolomide Chemosensitivity by Regulating Autophagy
研究背景：
神经胶质瘤是最致命的恶性脑肿瘤。替莫唑胺（TMZ）作为主要的化疗药物，已在临床中广泛使用。但是，TMZ的抵抗力仍然很差。据报道，LncRNA在各种癌症的进展和多种药物的耐药性中起关键作用。但是，神经胶质瘤中大多数lncRNA的生物学功能和潜在机制仍不清楚。
研究方法及结果：
基于TCGA数据库，在神经胶质瘤和正常脑组织之间共找出94个差异表达的lncRNA，包括16个上调lncRNA和78个下调lncRNA。随后，检测到lncRNADLEU1，HOTAIR和LOC00132111与高表达和低表达组之间的总体生存率（OS）显着相关。此外，我们验证了lncRNA DLEU1在108个神经胶质瘤中高表达(与19个正常脑组织相比)。lncRNA DLEU1的高表达预后不良（HR = 1.703，95％CI：1.133-2.917，p值= 0.0159）。此外，功能分析还显示，敲低lncRNA DLEU1可以通过诱导细胞周期停滞在G1期并通过下调CyclinD1和p-AKT降低S期来抑制增殖，以及通过抑制上皮细胞迁移和侵袭而抑制增殖。胶质瘤细胞中的间质转化（EMT）标记，例如ZEB1, N-cadherin, β-catenin , snail 。此外，沉默lncRNA DLEU1可通过调节P62和LC3的表达来抑制TMZ激活的自噬，并通过触发凋亡来促进神经胶质瘤细胞对TMZ的敏感性。
研究结论：
总之，我们的研究表明，lncRNA DLEU1可能作为神经胶质瘤对TMZ敏感性的预后潜在靶标和基础治疗靶标。
分析思路：
1、从TCGA数据库中下载glioma数据，然后进行差异分析，一共找到94个差异的lncRNA
2、对上述得到的94个lncRNA进行批量单因素Cox回归分析，发现10个lncRNA具有统计学意义，并且批量绘制这个10个lncRNA的生存曲线，发现这个三个DLEU1、LOC00132111、HOTAIR具有预后价值
3、利用上述10个lncRNA预测靶基因，并且对得到的靶基因进行GO、KEGG富集分析
4、发现DLEU1表达上调并表达上调出现不良预后，于是选择DLEU1进行深入研究，并且将DLEU1单独拿出来分析，收集临床样本验证了DLEU1表达上调并表达上调出现不良预后
5、确定敲减DLEU1会抑制glioma细胞的增殖
6、确定沉默的 DLUE1干扰glioma细胞的细胞周期及细胞周期相关蛋白的表达水平
7、确定敲减lDLEU1通过上皮-间质转化抑制glioma细胞的迁移和侵袭能力
8、确定敲减 DLEU1促进glioma细胞对替莫唑胺的敏感性
9、确定敲减 DLEU1可以通过抑制替莫唑胺诱导的自噬增强glioma细胞的替莫唑胺细胞毒性
用一张图总结上面所做的分析：
