影像组学学习笔记(8)-批量提取特征

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频
本节(8)主要介绍: 使用代码批量提取特征

数据存放路径及格式如图：

filepath.JPG

import radiomics
from radiomics import featureextractor
import pandas as pd

dataDir = 'C:/Users/RONG/Desktop/PythonBasic/Images/'
folderList = ['001','002','003','004','005']
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()
df = pd.DataFrame()
for folder in folderList:
    imageName = dataDir + folder +'/lung_image.nrrd'
    maskName = dataDir + folder + '/lung_label.nrrd'
    featureVector = extractor.execute(imageName,maskName)
    df_add = pd.DataFrame.from_dict(featureVector.values()).T
    df_add.columns = featureVector.keys()
    df = pd.concat([df,df_add])
df.to_excel(dataDir + 'results.xlsx')

提取到的excel表打开后是这样的：

FeatureEx.JPG

注意，这里李博士只是演示批量提取的方法，具体的pyradiomics参数需要根据自己的研究目的来调整。