乳糖不耐受和牛奶过敏在症状上有相似之处，都会出现腹痛，腹胀和腹泻症状。但二者又有着本质区别：
发病机制不同
乳糖不耐受发生在消化系统，小肠粘膜细胞分泌的乳糖酶不足，不能将牛奶中的乳糖充分分解代谢，未分解乳糖会直接进入大肠，被大肠中的微生物发酵分解，产生气体，肠道内的PH值下降，刺激肠蠕动，导致腹胀腹泻等症状的发生。
牛奶过敏，准确的说是对牛奶中的蛋白质过敏，每100毫升牛奶中蛋白含量3克，其中80%是酪蛋白，20%的乳清蛋白。过敏的发生一般是由免疫系统主导，小儿消化道免疫屏障功能尚未发育成熟，粘膜柔嫩，血管通透性高，蛋白质容易通过肠粘膜入血，被免疫系统识别，被误做为“敌人”进行攻击，导致机体过敏症状的出现，如腹痛，腹泻，呕吐，哮喘等，严重的过敏可能会危及生命。
大多数情况，这种过敏症状会随着年龄增长而逐渐消失，约有1/3患者会一直持续到儿童期，成人中只有0.1%-1%对牛奶过敏或终生过敏。
牛奶过敏还有一定遗传倾向，据研究统计，牛奶过敏的发生率为2%-5%，父母均无过敏体质，婴儿牛奶过敏的发生率为2%，父母一方有过敏史，发生率为20%，父母双方均有过敏史，婴儿过敏发生率可达43%。
| 发生人群不同
乳糖不耐受较少发生于婴儿，多发生在成人；牛奶过敏则多见于婴幼儿，成人较少发生。
大多数婴儿主要食物是（妈妈的）乳汁，肠道内正常分泌乳糖酶，来帮助他们的消化代谢。也有少部分婴儿，是先天就缺乏乳糖酶的，需要特殊无乳糖配方奶粉来喂养。
通常婴儿断奶后，其体内乳糖酶合成会逐渐减少。因各种原因导致小肠缺少乳糖酶的时候，乳糖不耐受的症状就很容易发生。
有资料显示，欧美的白色人种较少发生乳糖不耐受，而黄色人种有乳糖不耐受的情况发生比例较高。这可能与不同人种饮食文化习惯不同有关。
解决成人对乳糖不耐受的症状，可以采用分多次，少量饮用牛奶；或将食物和牛奶一同食用；选择酸奶，乳酪等方式来缓解症状。
如果成年人对牛奶过敏，唯一的解决办法就是避开一切含乳制品的食物，可用其他食物代替，如豆浆等。我国于2012年4月在《预包装食品标签通则》（GB7718-2011）中，列举8类可能引发过敏的食品～含有麸质的谷物及其制品(如小麦、黑麦、大麦、燕麦等)，甲壳纲类动物及其制品(如虾、龙虾、蟹等)，鱼类，蛋类，花生，大豆及其制品，乳及其乳制品(包括乳糖)，坚果及其果仁类制品，并且建议食品生产企业，如果作配料或在加工过程中可能带入上述食品或制品时应加以提示
