平衡记分卡和KPI的区别主要在于指标集合内在关系认识不同。平衡记分卡更加强调指标集合的战略影射和系统属性，即每一个指标都应该能够证明与企业战略目标之间的联系，并且与其他指标存在若干因果关系。而KPI强调对企业关键成功因素的理解和关注，认为过于全面和复杂的指标结合会造成高昂的设计和管理成本。
平衡记分卡认为自己改善了关键绩效指标设计上的缺陷，因为许多企业在设定公司发展的绩效指标时多少存在一些偏差。比如只关注业绩发展的指标，或只关注销售额的指标，又或者是在目标的设定过程中比较关注短期的目标。这些目标的设定是必然会发生的，因为人性使然。但是从公司整体的长远发展来看，这么做会造成严重的问题。
KPI则认为平衡记分卡虽然在理论上更具有系统性的优点，但显然会失之于复杂。平衡记分卡所强调的战略影射要求将顾客至上、财务、企业内部流程、创新和学习等方面的指标进行因果关系的明确，但任何指标影响的多指向性会把因果关系影射变成非常复杂的网络。如果用一头牛来做比喻，平衡记分卡要求将一头牛分解后将定义的各个部分连接起来还是一头活牛，而KPI则认为只要定义了牛的主要特征就能得到一头牛。
平衡记分卡和KPI虽然在逻辑上基本都做到了自洽，但在实操层面都面临复杂性问题和指标系统对外部环境变化的适应性问题。因此，可以猜想，成功的企业应该是有所取舍的使用这些工具的。要达到两种工具的理想状态，需要付出非常庞大的设计和管理成本。
