数据处理 第一天 准备工作

数据分析 开始

1 上传数据（.gz）完成

2 解压数据

for i in *.gz; do gzip -d $i; done

du *.fq：查看文件大小

3：数据质控

/baicai2/weiyx/local/FastQC/fastqc -q -t 18 ./Resequencing/cleandata/cleandata.fq/*.fq -o ./Resequencing/fastQC/ &

-q 安静 -t 线程 -o 输出 

4：数据比对

nohup bowtie2 -p 5 -S /baicai2/weiyx/map_bra/755.sam -x /baicai2/weiyx/genome_bra/genome -1 /baicai2/weiyx/Resequencing/cleandata/cleandata.fq/S755_NDHG07043_1.clean.fq -2 /baicai2/weiyx/Resequencing/cleandata/cleandata.fq/S755_NDHG07043_2.clean.fq 2> bowtie2_bra.log &

-p 调用核心数目 -S 输出 -x index 

挺快

参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/31432993