最近作业要用RSeQC这个软件，做转录组的朋友们可能比较熟悉，但是苯人不是这个方向，所以服务器上也没有，安装时候四处碰壁看了一堆教程，挣扎了有七八个小时终于安上了，写个文章给同样小白的家人们避避坑吧…大佬请轻喷TvT（真就跑代码5秒钟，搭环境5小时呀（泪目））
首先，RSeQC是Python2时代的软件，所以可能看到很多文章说还是在python2下面用得更顺。但其实RSeQC从3.*及以上的版本开始就支持python3了，所以对于小白来说，还是推荐直接在python3的pip3命令一键安装：
pip3 install RSeQC
如果你运行这个命令之后装了一堆东西没报错成功结束，那恭喜你大概率成功一半了！这个命令（看RNA测序类型的）是我要用的：
infer_experiment.py -i project1.bam -r GENCODEM16.bed
如果也没报错……那恭喜你完全成功了！撒花！886！
pip3安装时报错
在我conda出来的虚拟环境里面用这个命令时候出了点问题，应该是由于pysam需要Cython，而我的环境里没有安装Cython导致的（虽然RSeQC会把依赖包都一起安装，但是我的理解是，它的基本逻辑是把这些包都下载下来之后再一起安装，这就导致有些包building的时候没有检测到已经安装了的依赖包然后出错）。报错信息一大堆，最后关键信息如下：
ERROR: Command errored out with exit status 1: /usr/bin/python3 /usr/lib/python3/dist-packages/pip install --ignore-installed --no-user --prefix /home/data/tmp/pip-build-env-zww97uzt/overlay --no-warn-script-location --no-binary :none: --only-binary :none: -i https://pypi.org/simple -- 'setuptools>=59.0' wheel 'Cython>=0.29.30,<3.0' Check the logs for full command output.
然后试图pip3 install Cython，但是安装成功后pysam仍然报错，最后直接conda deactivate回到base环境，pip3 list后发现这里有已经装好的Cython，试了一下pip3 install RSeQC，成功安装！
——————以下问题则是我尝试在python2.7安装使用RSeQC时候遇到的——————
使用RSeQC的脚本时候报错
报错信息如下：
Traceback (most recent call last):
File "/home/不给你看/infer_experiment.py", line 49, in <module>
from bx.bitset import *
ImportError: /home/不给你看/.local/lib/python2.7/site-packages/bx/bitset.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS2_FromStringAndSize
这个报错信息是RSeQC的一个依赖包bx-python里的bitset.so这个文件的问题，出错的函数是PyUnicodeUCS2_FromStringAndSize。
这个函数是python2里面的一个函数，具体似乎是接收UCS-2编码的数据并把它转换成一个对象，这里的重点就是UCS-2编码。
按照网上的说法，python2默认使用的是UCS-2编码，而python3默认使用的是UCS-4编码，因此按道理来讲这个函数不应该出问题，然而事实上……可以用如下命令检查一下python2的默认编码：
python #这句用来进入python解释器，进去之后看看命令行里面输出的信息，python2.几的说明进对了，不然可以试试不用python用python2命令
import sys
print(sys.maxunicode)
我这里出现的是1114111，说明我的python2是UCS-4编码的！（如果出现65535说明是UCS-2）这就是bx-python这个包跑不起来的原因！
看到这里我自然想，那我能不能修改编码方式呢？很遗憾，编码方式是在python2编译（也就是把源代码变成你能用的程序）的时候就决定了的，就算你conda create一个新的虚拟环境，conda给你装的那个python也是他们预编译好的，所以唯一的方式是建一个空环境，然后自己下载python2.7的源码，在编译时候进你的python压缩包解压出来的目录用：
./configure --enable-shared --enable-unicode=ucs2
make && make install
然而事实是经历这一番操作之后，我的python2解释器仍然是UCS-4编码……可能与路径设置等等有关，但是到了这一步我就迷途知返，去装python3的RSeQC了！在这之前记得用pip uninstall RSeQC等命令把乱七八糟安装失败的东西卸了，不然到时候很多脚本命令容易定向到这个旧的路径去。
比如我安装好了python3的RSeQC之后，使用which infer_experiment.py又给我定向到/home/服务器名字/.local/bin/infer_experiment.py这个路径去了，删除了旧的RSeQC之后再which infer_experiment.py，输出变成了/home/服务器名字/software/anaconda3/bin/infer_experiment.py，这个就是python3的RSeQC对应的脚本啦！
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最后，还有一个新学到的经验：如果是python包优先用pip（python2）或者pip3（python3）来安装，不要用conda。一方面conda慢，另一方面很容易solve environment出错！conda和pip安装的包就算是同一个，也不是共享的！
