问题是，二代下机数据的Raw Reads乘以测序长度后为什么不等于Raw Base？

Raw Reads简称为RR，Raw Base简称为RB。
图中
RR是34040437个，RB是10.21 *1000 *1000 *1000bp

RB=RR *测序长度

使用命令查看测序长度

cat filename | head -n 100

CAT前100行的结果

获得结果均为150bp

ATGCAAATGTTAACTCCAAATAAAAAACCAGATTCCAGCTCTAGTTTTAATAGTTCCAAAGGAGGATTAAAGAAAGATAAAAATTTAAAAAGAAAAAATTCTACTTTAGTTGCTGACAATGATAATGTAAATACTTATAAAAATTATATG

AAACATCGGGCTGAAATAGTGTGTCACGTTAAACGAATTAAGATACCGCTAGGCAGTGGGAATGTACTGTCGGTGTTTGGGGATAGAGCAAATCAATAATTAGGAATCGTATCATGTATCCAGGCCCAAAACTGCCTAAAGAAAGGCGAT

GAACGGAGGAAGAAGGTGCCATGATAGAGTTTGTAGAGGGAGATGAAACTTAGGGATTTTTCACTTAAGGATGAGGTAACGGTAATGTGAGAGAGAGAGAGACATATTTATACCCACCGGATTTAAAACGGAGTTAATGCGGAATTGTTA

则RR *测序长度=34040437 *150=5,106,065,550bp，但是RB长度是10,210,000,000bp，出现了不一致

为什么呢？

出现这种情况的主要原因是，本次测序数据是PE（pair end）测序，而双端测序结果中，两个方向测序结果的reads数相同，所以公司的交付文件中的RR的个数34040437，其实指的是单个方向测序结果的reads个数。故此时
RB=RR（方向一） *测序长度+RR（方向二） *测序长度
=34040437 *150+34040437 *150
=10,212,131,100

至此，与结果报告中RB为10.21G的结果相一致

扩展一下

二代测序的读长为什么是固定的？
答：reads长度是测序仪本身程序决定的，碱基读取就是荧光显微镜拍照，150bp的reads就意味着150张激光共聚焦显微镜照片，这是可以控制的，所以也会有PE100，PE150，PE250，而且这些只是试剂盒不同，都可以在一个测序平台上运行。

二代测序的读长为什么是固定的？ - 星空Idealist的回答 - 知乎
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