服务器安装新版本R及Seurat方法

yum的基本用法:

安装:yum install package

卸载:yum remove package

Seurat需要很多新的依赖包,否则会安装失败。服务器为CentOS版本。

目前报错的,未完成安装的依赖包有:httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject.

目前已更新的依赖包包括:

openssl:sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安装httr包。

gcc+版本(本步骤目的为安装RcppTOML):

首先安装:sudo yum install centos-release-scl scl-utils-build -y

之后运行:sudo yum list all --enablerepo='centos-sclo-rh' | grep "devtoolset-",查看可用的版本。查看到最新版本为9

之后运行:sudo yum install devtoolset-9-toolchain -y,完成安装

启动:sudo scl enable devtoolset-9 bash(永久启动:echo "source /opt/rh/devtoolset-9/enable" >>/etc/profile,但是没有权限)

这样之后,在启动了devtoolset9的情况下,RcppTOML终于装上了!

geos(for rgeos)安装:sudo yum install geos geos-devel

这些都搞完后,最后成功安装了Seurat。

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