Seurat v3版本安装

1.默认安装v4版本

install.packages("Seurat")

2.因为有个去批次的R包(iSMNN)需要安装V3版本的Seurat,所以我需要安装Seurat v3版本
但是在此过程中一直在报错:

library(devtools)
devtools::install_version("Seurat",version = package_version('3.2.3'))
##Erro
object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat'

发现只有spatstat的版本是1.64-1时才能安装Seurat,所以先安装spatstat1.64-1

devtools::install_version("spatstat", version = "1.64-1")

具体为啥还不太清楚,目前来说已经正确安装了。

3.考虑到版本已经更新的问题,尽量保留Seurat v4版本
需要把v3和v4放在2个library里,所以下载安装包的时候需要给定lib

devtools::install_version("spatstat", version = "1.64-1",lib = "D:/program/R/library/library2"))
devtools::install_version("Seurat",version = package_version('3.2.3'),lib = "D:/program/R/library/library2")

4.调用不同版本的Seurat包

packageVersion("Seurat",lib.loc ="D:/program/R/library/library2")

5.搞定!


image.png

6.查看版本

packageVersion("Seurat",lib.loc ="D:/program/R/library/library2")
# ‘3.2.3’
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