单细胞测序数据千变万化?别慌!继上期软件安装&准备测序数据后,本期我们直击核心痛点——教你用Seurat轻松驾驭不同格式的原始数据。无论你是刚拿到10X Genomics的h5文件,还是手握表达矩阵,这篇保姆级教程都能让你5分钟完成数据导入!
从 h5 文件构建
数据地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3489182

从表达矩阵构建
地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM2829942
(适合TPM/FPKM等已处理数据)

多样本构建 Seurat 对象
为每个样本构建一个 Seurat Object,存为 list。

🚨 避坑指南 🚨
h5文件读取报错?检查文件版本是否匹配Cell Ranger输出结构
基因名显示为ENSEMBL ID?添加gene.column=1参数获取基因符号
细胞数异常减少?调整min.cells/min.features过滤阈值
立即动手导入你的数据吧!遇到问题欢迎在评论区留言!