生信软件安装之Perl

• Perl是一门解释性语言
• Perl的包管理工具：cpan，cpam
• Perl的手动安装方法

装Perl模块有两种方法：

• 自动安装：CAPN，CPANM
• 手动安装（去CPAN网站下载所需要的模块，手工编译、安装）
• 推荐阅读:perl模块安装大全

Trinitiy中Perl的作用

1. 命令行参数解析
2. 流程衔接
3. 输出格式解析

# 服务器上下载异常的慢，先下载到本地，再用winscp上传，快很多
# 解压缩—make编译—
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ cd Trinityrnaseq-v2.6.6/
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src/Trinityrnaseq-v2.6.6$ make
# 如何使用，去官网看看使用方法吧

conda的Perl会和系统的Perl冲突

• 原因：
  conda添加到环境变量后，conda的Perl取代了系统的Perl
  之前安装Perl模块要么找不到，要么与conda的Perl冲突
• 解决方法：
  不要将conda添加到环境变量中
  解决方法：https://mp.weixin.qq.com/s/PkbM98OteU5xhhsjelBtSw