水生生态系统中的微生物尤其微妙。共生与协同作战，使得尽管单一个微生物是那么脆弱，那么娇气，但只要它们长在一块，就非常坚韧，非常顽强。
微生物因为太小，它们获得营养的方式是通过扩散而不是“吃”进入。所以，对于环境中的大分子营养素，如蛋白质、脂肪、淀粉或甚至纤维素等，微生物只有先分泌水解酶和消化酶，将这些物质分解成可以直接通过扩散而吸收的氨基酸、单糖或更小的物质。
世间任何生物都需要新陈代谢，微生物也不例外。微生物由于个体小，结构简单，没有专门用于摄取营养的器官。因此，微生物的营养物质的吸收以及代谢产物的排出都是依靠细胞膜的功能来完成的。
大分子的营养物质（如蛋白、脂肪和多糖）需要由微生物分泌的胞外酶事先水解成可溶性小分子才能吸收。
