操作环境：Win10 Ubuntu子系统
1. 下载参考转录组
下载传送门：http://ftp.ensembl.org/pub/release-76/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz
由于 wget 下载速度太慢，用了神奇的Motrix软件分分钟成功下载到本地。
就是来自技能树推文的安利之一，推文传送门：https://mp.weixin.qq.com/s/whx-n1ktT58WHhWAUa06dw
就是它👇
然后直接将 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz 拖到子系统的工作路径下。
2. Salmon 构建 index
假设已经装好了 Miniconda.
2.1 在小环境中安装 Salmon
conda create --name rnaseq
conda activate rnaseq
conda install -y salmon
2.2 构建 index
失败第一回
salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index
[Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.]
难道是文件不完整吗，抱着这种想法甚至重新下载了1n遍。
失败第二回
看了别人构建好的 index, 里面有 .json 文件，难道是和网速有关？
开着战五渣的手机热点，依然 [Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.] .
失败最终回/成功第一回
查看文件详细信息：
ls -lh
没有权限，毫无权限。
那么就来修改权限🤦♂️
chmod 777 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz
这是坠吼的
salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index
所以构建 index 秒失败应该反思哪里呢
- 文件完整性，有必要
- 网速，阔以，么得必要
- 文件权限，非常必要，尤其用了除
wget以外的骚操作下载
最后，向大家隆重推荐生信技能树的一系列干货！
- 生信技能树全球公益巡讲：https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g
- B站公益74小时生信工程师教学视频合辑：https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw
- 招学徒：https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw
