【R】气泡图和柱形图展示挑选的KEGG通路

KEGG富集分析相信大家都并不陌生。前面小编给大家系统的介绍了

R进行GO和KEGG富集分析及结果可视化

DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

我们知道对GO和KEGG富集分析得到的结果进行可视化的时候,一般都是展示top10,或者top20最显著的GO条目或者KEGG通路。而这里的top10或者top20的富集结果一般是按照FDR来从小到大排序的。

经常有粉丝会问,能不能只展示自己感兴趣的GO或者KEGG结果。因为跟自己研究相关的结果不在Top10或者Top20里面,但是FDR确实是显著的。答案是肯定的。不论你是用R得到的富集分析结果还是使用DAVID网页工具得到的富集分析结果,我们都能对富集结果进行挑选,然后再使用R进行可视化。【R】气泡图和柱形图展示挑选的KEGG通路

前面也给大家讲解过☞ 展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路

也用视频给大家详细演示了☞ 如何挑选感兴趣的KEGG通路进行展示

下面给大家举一个例子。假设下面这张表是我们得到的完整的KEGG富集分析结果。而标黄的是我们比较感兴趣的KEGG通路,想展示在文章中。


直接使用barplot或者dotplot来展示top10或者top20,显然是不能满足我们要求的。这个时候需要从原始的包含所有KEGG富集分析结果的文件KEGG-enrich.csv中挑选出标黄的行,另存为一个叫KEGG-enrich_selected.csv的文件中,然后使用R代码来展示挑选出的10条通路。

可以得到如下的柱形图,都是我们感兴趣的通路。


气泡图


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