这几个命令基本占了平时linux命令使用频率的90%。

mkdir - 创建目录

mkdir data # 创建data目录
mkdir data/reads  #在date/目录下建立子目录 reads，此时/data目录必须已经存在。

pwd - 显示当前目录

pwd   # 用户目前所在目录

cd - 切换目录

cd data/ # 切换到目录data
cd data/reads #切换到data/reads 目录下
cd .      #"."表示当前目录
cd ~      # 切换到用户的HOME目录
cd ..     # 切换到上一级目录；一个点.表示当前目录，两个点..表示上一级目录
cd ../../     # 切换到上一级的上一级目录
cd -      # 切换到进入当前目录之前所在的目录

ls - 显示目录内容

这是最基本的档案指令。 ls 的意义为 "list"，也就是将某一个目录或是某一个档案的内容显示出来。 ls 命令可加参数混合使用。

ls            # 显示目录内容
ls -l         # 以列表显示形式显示目录内容，通常在~/.bashrc文件中增加一行：alias ll='ls -l'
ls -a         # 显示目录全部内容，包括隐藏文件

less, head, tail - 显示文件内容

less file       # 分屏显示文件内容，按空格键显示下一页，up显示上一页，上下箭头按行显示，"/"向下搜索，“？”向上搜索，q键退出。
less -SN file   # 显示文件的行号，并且截断太长的行

head file       # 默认显示文件前10行
head -n 1 file # 显示文件前1行

tail file       # 默认显示文件后10行
tail -n 1 file  # 显示文件后20行

cp, mv, rm- 文件/目录的复制，移动，删除

cp file1 file2      # 将文件file1复制一份，命名为file2
cp file1 dir1/      # 将文件file1复制一份到dir目录下
cp -r dir1/ dir2/       # 将目录dir1复制一份，命名为dir2，注意，目录要加-r参数，-r表示递归地处理文件，即处理该目录及其所有子目录下符合条件的文件。

mv file1 dir1/      # 将file1移动到dir1/目录下
mv file1 file2      # 重命名：即将file1移动成为file2

rm file             # 删除文件
rm -rf dir/         # 删除目录，-r表示递归地处理文件，即处理该目录及其所有子目录下符合条件的文件；-f则是无提示强制删除。

tar - 文件打包/压缩

# 平时tar基本上就能完成打包、压缩、解压的任务了
tar -czvf file.tar.gz files # 打包并压缩
tar -xvf file.tar.gz            # 解包，解压缩

gzip file                   # 压缩
gunzip file.gz              # 解压

cat - 将文件打印到标准输出

cat file1                         # 将file1文件输出到屏幕
cat file1 file2   >file3          # 合并file1和file2的内容，输出到file3；‘>’可以将标准输出信息重定向输出
cat R1.fq.gz R2.fq.gz   >R.fq.gz  # 可以合并gzip压缩文件，如测序数据原始reads的合并