这几个命令基本占了平时linux命令使用频率的90%。
mkdir - 创建目录
mkdir data # 创建data目录
mkdir data/reads #在date/目录下建立子目录 reads，此时/data目录必须已经存在。
pwd - 显示当前目录
pwd # 用户目前所在目录
cd - 切换目录
cd data/ # 切换到目录data
cd data/reads #切换到data/reads 目录下
cd . #"."表示当前目录
cd ~ # 切换到用户的HOME目录
cd .. # 切换到上一级目录；一个点.表示当前目录，两个点..表示上一级目录
cd ../../ # 切换到上一级的上一级目录
cd - # 切换到进入当前目录之前所在的目录
ls - 显示目录内容
这是最基本的档案指令。 ls 的意义为 "list"，也就是将某一个目录或是某一个档案的内容显示出来。 ls 命令可加参数混合使用。
ls # 显示目录内容
ls -l # 以列表显示形式显示目录内容，通常在~/.bashrc文件中增加一行：alias ll='ls -l'
ls -a # 显示目录全部内容，包括隐藏文件
less, head, tail - 显示文件内容
less file # 分屏显示文件内容，按空格键显示下一页，up显示上一页，上下箭头按行显示，"/"向下搜索，“？”向上搜索，q键退出。
less -SN file # 显示文件的行号，并且截断太长的行
head file # 默认显示文件前10行
head -n 1 file # 显示文件前1行
tail file # 默认显示文件后10行
tail -n 1 file # 显示文件后20行
cp, mv, rm- 文件/目录的复制，移动，删除
cp file1 file2 # 将文件file1复制一份，命名为file2
cp file1 dir1/ # 将文件file1复制一份到dir目录下
cp -r dir1/ dir2/ # 将目录dir1复制一份，命名为dir2，注意，目录要加-r参数，-r表示递归地处理文件，即处理该目录及其所有子目录下符合条件的文件。
mv file1 dir1/ # 将file1移动到dir1/目录下
mv file1 file2 # 重命名：即将file1移动成为file2
rm file # 删除文件
rm -rf dir/ # 删除目录，-r表示递归地处理文件，即处理该目录及其所有子目录下符合条件的文件；-f则是无提示强制删除。
tar - 文件打包/压缩
# 平时tar基本上就能完成打包、压缩、解压的任务了
tar -czvf file.tar.gz files # 打包并压缩
tar -xvf file.tar.gz # 解包，解压缩
gzip file # 压缩
gunzip file.gz # 解压
cat - 将文件打印到标准输出
cat file1 # 将file1文件输出到屏幕
cat file1 file2 >file3 # 合并file1和file2的内容，输出到file3；‘>’可以将标准输出信息重定向输出
cat R1.fq.gz R2.fq.gz >R.fq.gz # 可以合并gzip压缩文件，如测序数据原始reads的合并
