Linux环境软件安装
“Mniconda”
- 名词解释
“Linux # Miniconda” ≈ “IOS # Appstore”
图片来自@生信星球
- 下载
- 登陆Linux服务器，查看版本：uname -a
- 进入“biosoft目录”：cd b(tab)
- wget（wget命令用来从指定的URL下载文件）linux命令大全——wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 第3步相当于下载完成，bash+下载的文件已加载安装：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安装
- 加载安装完成后，需要激活conda：source ~/.bashrc
- 添加镜像
-
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes 回车
- 使用
- 查看当前所有软件列表：conda list
- 搜索软件：conda search xxx (fastqc)
- 安装fastqc软件：conda install fastqc -y；卸载：conda remove fastqc -y
- 在当前路径查看conda环境：conda info --envs；反馈信息中带有“*”的是当前使用的环境
- “建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）”：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 激活新的conda环境（rna-seq）：conda activate rna-seq
- 未掌握
- source ~/.bashrc
- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- rm ~/.condarc
