在AlphaFold 3 (AF3) 中，unpairedMSA 和 pairedMSA 是多序列比对（MSA）中的两种不同形式，用于预测蛋白质结构。

1. unpairedMSA：

   • 定义：unpairedMSA 是指未配对的单链多序列比对。每个蛋白质链的MSA是独立生成的，不考虑其他链的序列信息。
   • 用途：主要用于单链蛋白质或复合物中独立分析的链。

2. pairedMSA：

   • 定义：pairedMSA 是指配对的复合物多序列比对。生成MSA时会考虑不同链之间的共进化关系，确保比对中包含相互作用的序列对。
   • 用途：用于蛋白质复合物，帮助预测链间的相互作用和界面。

总结

• unpairedMSA：独立生成，适用于单链或独立分析的链。
• pairedMSA：考虑链间相互作用，适用于蛋白质复合物。

这两种MSA形式在AF3中共同提升蛋白质结构预测的准确性，尤其是在处理复合物时。