堆肥不可避免地自己长出些虫子，当然也有可能是买买买苗的时候，土壤中所携带的虫卵又或是厨余中携带的？有时因为环境合适，温度合适，腐殖质和腐烂食物又多还没有天敌（室内容器中堆肥），土里的虫子就很容易变多。
潮虫是堆肥中最常见到的甲壳类动物，准确的说并不是昆虫。蛞蝓（鼻涕虫）蠼螋（qú sōu），都喜欢潮湿、黑暗、有腐烂植物的地方，堆肥自然成为它们的乐土。好几种苍蝇和一些甲虫，以及它们的后代，都是临时的堆肥过客，也就是暂时存在。他们的成虫会找寻良好的食物堆用于产卵，让幼虫可以不饿肚子。这也是为什么如果全部都是厨余，各种小黑飞，苍蝇不请自来的原因。因为大量的厨余对这些虫子简直就是食物的盛宴，果蝇和黑色的苍蝇的幼虫是“绿色”的虫子，可分解物如咖啡渣和厨余。
有时候也是神奇，这些虫子算是自己出现的，怎么到高层堆肥箱里？我现在也没弄明白！只要厨余对它们的口味，它们就会找到并开始繁衍生息。在它们排卵，生长、吃厨余和排便的过程中，能够为土壤增加细菌和真菌的数量。真菌和细菌在自然降解过程中不可或缺，它们同时也是蚯蚓的食物。最后，堆肥土中的虫子也是鸟类的食物。
再比如木蜚蠊也可以叫木蟑螂，原本是在森林中木头下的土里，专门吃腐烂的有机物，也不知道是什么时候开始出现在堆肥里并泛滥。因为它们喜阴暗潮湿的环境，只要离开土壤到室内，不到一两天就会因为缺水死亡。
茧蜂会找毛毛虫寄生，从而自然灭虫。寄生蜂会找到蚜虫，然后繁衍后代的同时灭掉蚜虫。蠼螋喜欢腐烂或柔嫩的植物，线虫喜欢吃活的植物，但也可能在堆肥中找到。
真菌，细菌，昆虫是土壤生态系统的一部分，它们能把厨余垃圾变成能让植物更健康的土壤肥料。除了极个别对人有害昆虫或毒蜘蛛，其他的虫子对人类都是无害的。而灭虫的同时可能就会让另一种昆虫也失去食物。不如打造健康的系统，让虫子数量不至于泛滥，这样或是才能真正拥有健康活土。
有了更深入的理解才能明白万物皆是为了生存，所以只要不对人有害，为什么一定要赶尽杀绝呢？自然自有它的妙招来维持平衡。
学会克服固有的观念和偏见，克服觉得虫子恶心的想法，才能开始欣赏堆肥箱中健康的生物群是多么奇妙的小小土壤生态圈！
