怎么升级Linux中的R版本

有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作,所以先安装或者更新R,来更轻松地安装并使用最新的 R 包。


一、

1. 更新 R 到更高版本

 ① 在 Ubuntu 或 Debian 上更新 R:

# 添加 CRAN 仓库

wget https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc

sudo apt-key add marutter_pubkey.asc

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base


② 在 CentOS 或 Fedora 上更新 R:

sudo yum install R


③ 在 Arch Linux 上更新 R:

sudo pacman -S r


2. 确认 R 的版本已经更新:

在 R 中运行:

R

version


3. 要查看当前安装的 R 版本,也可以在 R 控制台中运行以下命令:

R.version


当前 R 版本是 3.6.3


二、继续升级

如果想进一步更新到更高版本(例如 R 4.x),可以尝试以下步骤来安装 R 的最新版本:


1. 更新到 R 4.x(如果希望使用最新版本)

添加 CRAN 官方仓库的最新版本(4.x)

切换到最新的 CRAN 仓库版本(通常会有 R 4.x),执行以下命令以添加 R 4.x 仓库:

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'


2. 更新仓库信息

更新本地的仓库信息,以便系统能获取到最新的包版本:

sudo apt-get update


3. 安装或升级 R 到最新版(4.x)

执行以下命令来安装 R 4.x:

sudo apt-get install r-base


4.验证安装版本

安装完成后,验证 R 是否已成功升级到最新版:

R --version


可以看到 R 4.x 的版本信息


三、后续步骤:更新 R 包

更新 R 版本后,可以执行以下命令更新所有已安装的包:

update.packages(ask = FALSE)

然后,再次尝试安装所需要的包,例如:

install.packages("ggplot2")

install.packages("gtable")


生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!

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