有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作,所以先安装或者更新R,来更轻松地安装并使用最新的 R 包。
一、
1. 更新 R 到更高版本
① 在 Ubuntu 或 Debian 上更新 R:
# 添加 CRAN 仓库
wget https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc
sudo apt-key add marutter_pubkey.asc
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
② 在 CentOS 或 Fedora 上更新 R:
sudo yum install R
③ 在 Arch Linux 上更新 R:
sudo pacman -S r
2. 确认 R 的版本已经更新:
在 R 中运行:
R
version
3. 要查看当前安装的 R 版本,也可以在 R 控制台中运行以下命令:
R.version
二、继续升级
如果想进一步更新到更高版本(例如 R 4.x),可以尝试以下步骤来安装 R 的最新版本:
1. 更新到 R 4.x(如果希望使用最新版本)
添加 CRAN 官方仓库的最新版本(4.x)
切换到最新的 CRAN 仓库版本(通常会有 R 4.x),执行以下命令以添加 R 4.x 仓库:
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
2. 更新仓库信息
更新本地的仓库信息,以便系统能获取到最新的包版本:
sudo apt-get update
3. 安装或升级 R 到最新版(4.x)
执行以下命令来安装 R 4.x:
sudo apt-get install r-base
4.验证安装版本
安装完成后,验证 R 是否已成功升级到最新版:
R --version
三、后续步骤:更新 R 包
更新 R 版本后,可以执行以下命令更新所有已安装的包:
update.packages(ask = FALSE)
然后,再次尝试安装所需要的包,例如:
install.packages("ggplot2")
install.packages("gtable")
生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!
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