Characterization of HPV integration, viral gene expression and E6E7 alternative transcripts by RNA-Seq: A descriptive study in invasive cervical cancer
通过RNA-Seq表征HPV整合，病毒基因表达和E6E7替代转录本：浸润性宫颈癌的描述性研究
Available online 13 December 2018
Genomics IF=3
Highlights
• 关于宫颈癌中HPV基因表达的资料很少。
• 我们通过RNA-Seq，宫颈癌中的HPV16和HPV18表达以及E6和E7基因的剪接产物来表征。
• 该分析表明存在非整合型和/或整合的病毒DNA，HPV18反复整合在基因内。
• 对于两种病毒类型，E6 * I是最常见的转录物同种型。
• 用于HPV16的转录物同种型E6 * VI和E6 * V以及用于HPV18的E6 * X是罕见的或未检测到的。
摘要
关于浸润性宫颈癌中乳头瘤病毒基因组的表达和可变剪接的E6E7 mRNA的频率的数据较少。 我们通过RNA-Seq分析在HPV16或HPV18的22例浸润性宫颈癌中进行了HPV表达的全面表征，表征了整合/非整合型病毒DNA的存在，人类基因组中的整合位点以及E6和E7的可变剪接产物的比例。 表达模式表明存在附加型和/或整合的病毒DNA，在大多数肿瘤中检测到整合，经常发生在HPV18 +中的人类基因内和HPV16 +肿瘤中的基因间区域。 E6E7转录物的可变剪接显示E6 * I是两种病毒类型中最常见的同种型，其次是HPV16 +中的E6 * II和E6 / E7（未剪接的）转录物，以及HPV18 +肿瘤中的E6 / E7。 先前描述的用于HPV16的E6 * VI和E6 * V转录物同种型以及用于HPV18的E6 * X是罕见的或未检测到的。
检测到的/可能存在的mRNA剪切体
Figure 2 A+B: HPV16（A）或HPV18（B）感染的浸润性宫颈癌中HPV基因组表达的热图。病毒基因组表达通过对部分区域（对于E6，E7，E1，E2，L1和L2）或完整（对于E4和E5）ORF计数的读数的数量来估计。
热图与以下相关：（1）肿瘤组织学分类，如腺癌（ADC），鳞状细胞癌（SCC）或癌; （2）HPV谱系（A，B或D）; （3）通过基于PCR的方法存在E1和/或E2病毒基因的破坏; （4）通过RNA-Seq分析检测到的HPV /人嵌合转录物的存在。 NA - 不可用。
HPV基因组整合
Alternative splicing along E6 and E7 ORFs
终极结论：对于包含主要病毒致癌基因(E6和E7)的选择性剪接亚型，E6I转录本(允许E7翻译)在所有HPV16+和HPV18+样本中表达最频繁*
