bam转fq文件 避坑

网上主要有两种方法：

1. bedtools 里的bamToFastq
   bamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq
2. samtools bam2fq
   bam2fq XX.bam >xx.fq
   注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同（bedtools的结果reads数目是samtools的两倍）

我的数据是三代hifi，用bedtools得到的fq跑出来的结果奇奇怪怪，但是samtools就是正常的，具体原因还需要详细了解，可能是bedtools更适合双端测序，三代还是用samtools吧，要不然后续会带来无尽的烦恼。

这两天因为这个转换问题快被搞抑郁了。。因为输入文件的问题导致后续hifiasm组装出来的基因组比实际偏大，而且K-mer peak图奇奇怪怪（下），还好终于找到了原因，跑出了相对完美的峰图（上）。

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嗐！搞生信真是每天踩一坑，坑坑不一样，有遇到类似问题的小伙伴儿可以参考。