RepeatModeler2.0+RepeatMasker

!!!
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使用RepeatModeler2.0+RepeatMasker 的时候,严格按照命令跑程序,出现结果不如我意
代码:

BuildDatabase -name papilio_machaon GCF_001298355.1_Pap_ma_1.0_genomic.fna
nohup RepeatModeler -pa 4 -database papilio_machaon -LTRStruct >& run.out &
/home/yt/biotools/repeat/RepeatMasker_4.07/RepeatMasker -pa 2 -gff -lib papilio_machaon-families.fa -dir repeat1 repeat.fa

出现的结果:


图1

我想要的结果


图2

原因:repeatmasker的版本太低,换成高一点的版本即可解决,例如4.1.1的版本

BuildDatabase -name papilio_machaon GCF_001298355.1_Pap_ma_1.0_genomic.fna
nohup RepeatModeler -pa 4 -database papilio_machaon -LTRStruct >& run.out &
/home/yt/biotools/RepeatMasker-4.1.1/RepeatMasker/RepeatMasker -pa 2 -gff -lib papilio_machaon-families.fa -dir repeat1 repeat.fa

祝大家科研顺利!!!

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