计算单个基因上exon的有效长度

哇，是时候要整理一下以前的学习记录了，以前傻里傻气不知道通过平台来记录代码，都是放在一个R脚本里面结果导致今天别人问一个同样的问题，居然花了好久才找到自己以前的记录，赶紧记下来进行分类。

gff3文件格式参考

library(rtracklayer)
anno <- import.gff3("E://B512/Project/data/all.gff3")

exons <- anno[anno@elementMetadata$type %in% c("exon"),]

tmp <- split(exons,as.character(exons$Parent))

Gene_length <- sum(width(reduce(tmp)))

as.data.frame(Gene_length) -> PerTranscript_exon_length

write.table(PerTranscript_exon_length,"PerTranscript_exon_length.txt",quote =F)

小知识：也可以通过featureCounts指定exon然后计算基因Counts，也可以得到基因或者转录本的有效的exon长度。