UST TELL-Seq 关联长读长技术

TELL-Seq 技术(转座酶连接长读长测序,Transposase Enzyme Linked Long-read Sequencing)是一种基于单管(图3,最右侧)的关联读长方法,其利用高浓度缓冲液体系,在 PCR 管的开放反应空间中实现高效的 DNA 分区共条形码标记。该技术仅需 3 小时 即可完成关联读长文库构建,输入样本量低至 0.1–5 ng,且无需专用实验室设备(实验流程见图 1)。后续 TELL-Seq 文库可在短读长测序平台(如 Illumina)上进行测序,相比长读长测序方案,该平台具有更高的碱基识别准确性、更高的测序通量以及更低的成本优势。

图1

什么是关联读长

Linked reads(关联读长)是带有 ** 唯一分子标签(条形码)** 的短读长序列,该标签可反映长链 DNA 分子的分区化片段化过程。在高通量测序水平下,数百万条高分子量(HMW)DNA 分子可同时被虚拟或物理分区,并分别片段化,从而实现其子片段的独立共条形码标记。测序完成后,利用条形码将各子片段 “关联” 起来,进而重构出原始的高分子量 DNA 分子(图 2)。该技术可借助 Illumina® 等平台的短读长测序数据,获得长度可达 200–300 kb 的长片段信息。

图2

关联读长的分类

根据 DNA 物理或虚拟分区的程度,关联读长(linked‑read)方法可分为三类:基于微滴(油包水)的方法基于微孔(物理隔离)的方法单管法

基于微滴的方法利用乳化油生成微米级微滴,将 DNA 分隔至每个微滴约 1–20 个 DNA 分子的文库中(图 3,左)。基于微孔的方法通过在 384 孔板中进行超高倍稀释,将 DNA 分隔至每个微孔数千个分子的文库中(图 3,中)。单管法则依靠微米级磁珠表面,在每个微珠上捕获约 1–8 个 DNA 分子,并可在 PCR 管的开放体系中完成数百万个独立的共条形码标记反应(图 3,右)。

图3

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