可用于基于约束的建模和流量平衡分析的建模平台、工具和软件列表。红色的是独立的，而紫色的代表基于web的工具。蓝色列出的是基于工具箱的。
GEMs通常被用于代谢工程、模型驱动发现、细胞表型预测、生物网络特性分析、进化过程研究和物种间相互作用[11-13]。
需要注意的是，COBRA工具箱的基因删除方法不允许连续删除多个基因。COBRA模型不记得之前删除了哪些基因，而且每次调用deleteModelGenes时，都只使用当前调用中列出的基因来评估GPRs。为了说明这一警告，请考虑上述针对B.多种虫的GPR。如果删除Bmul_0907和Bmul_1003，反应rJB00022应该不能携带通量。实际上，如果两个基因都调用了deleteModel- Genes, GPR的计算结果为false，因为x中Bmul_0907和Bmul_1003的条目都设置为0。相反，如果用户试图首先删除Bmul_0907，然后通过随后调用deleteModelGenes来删除Bmul_1003，则rJB00022将保持活动状态。在删除Bmul_0907的第一次调用中，rJB00022的GPR值为1，因为该反应只需要两种相关酶中的一种。在第二次调用Bmul_1003时，GPR仍然计算为1，因为之前删除Bmul_0907的COBRA模型中没有内存。当使用COBRA工具箱删除多个基因时，所有的基因必须在一次删除操作中被删除。如果用户希望删除后续的基因，他们必须存储之前删除的基因列表，并调用deleteModelGenes，其中包含应该从模型中删除的所有基因。
COBRA工具箱明确区分了基因和反应。遗传操作与模型模拟是分开的。删除模型基因使用GPR字符串来识别不应该携带通量的反应。这些反应的界限被设置为零，以加强基因删除对后续模拟的影响。用户负责跟踪应用于模型的基因删除，以确保删除新基因时得到正确的结果。
