MultiQC安装及数据评价
一、MultiQC安装
1、如果下载了conda 可以直接输入命令
conda install -c bioconda multiqc
2、确认安装成功
multiqc -h
1.PNG
3、下载SRR序列、解压
2.PNG
4、查看安装目录
ls
3.PNG
5、fastqc评估
fastqc SRR7511227_1.fastq.gz
fastqc SRR7511227_2.fastq.gz
fastqc SRR7510256_1.fastq.gz
fastqc SRR7510256_2.fastq.gz
4.PNG
6、multiqc评价
multiqc .
查看文件multiqc_report.html是否存在
ls
5.PNG
将其下载到本地并用浏览器打开
这张是一般统计图，记录了四个数据Dups和GC的百分比
6.PNG
这张是序列质量直方图，记录读数中每个基本位置的平均质量值
7.PNG
这张图显示每个序列的质量得分。平均质量得分的阅读次数。显示读取子集的质量是否较差
8.PNG
这张图显示每个基本序列的内容，四个正常DNA碱基各自被称为每个碱基位置的比例
9.PNG
其他还有一些数据展示就不写上来了。
