MultiQC安装及数据评价

一、MultiQC安装
1、如果下载了conda 可以直接输入命令

conda install -c bioconda multiqc

2、确认安装成功

multiqc -h

1.PNG

3、下载SRR序列、解压

2.PNG

4、查看安装目录

ls

3.PNG

5、fastqc评估

fastqc SRR7511227_1.fastq.gz

fastqc SRR7511227_2.fastq.gz

fastqc SRR7510256_1.fastq.gz

fastqc SRR7510256_2.fastq.gz

4.PNG

6、multiqc评价

multiqc .

查看文件multiqc_report.html是否存在

ls

5.PNG

将其下载到本地并用浏览器打开
这张是一般统计图，记录了四个数据Dups和GC的百分比

6.PNG

这张是序列质量直方图，记录读数中每个基本位置的平均质量值

7.PNG

8.PNG

9.PNG

其他还有一些数据展示就不写上来了。