首先说一下为什么会出现这个情况，那是因为ios弹出软键盘的时候，webview的高度没有变化导致超出屏幕范围，而plus这时候又会自动把header的 position：fixed 属性设置为 position：relative，header就跟着滚动了。。。。

解决办法很简单，只要是现在最新版本的plus，都有这个

    plus.webview.currentWebview().setStyle({
        softinputMode: "adjustResize"  // 弹出软键盘时自动改变webview的高度
    });

只要你在plusready里面写入这个，就可以解决header跟着滚动的问题

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虽然楼主可能没遇到，不过也再顺便补充一个：如果页面中包含header、mui-content、footer，当mui-content内容很多，已经可以滚动，这时候弹出键盘，又会出现header可以滚动的情况

这时候已经不是plus的问题了，而是css的问题（ios的坑），而是webview已经改变高度了，但是html、body的高度没有改变。

解决办法就是写一段css样式：

    html, body {
        height: 100%;
        margin: 0px;
        padding: 0px;
        overflow: hidden;
        -webkit-touch-callout: none;
        -webkit-user-select: none;
    }

只要写了这段样式，页面就会随着webview的改变而改变