学习小组day3笔记-Jing

Linux环境下软件安装

一、概念

anaconda>miniconda>conda
conda是一个环境,在其中安装不同版本的软件使用不会互相干扰

二、安装miniconda

1.查看服务器版本uname -a

image.png

2.搜索清华镜像miniconda安装lastest版本

cd ~/biosoft
wget 链接地址
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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安装成功后显示

image.png

激活condasource ~/.bashrc
输入conda显示
image.png

没显示注意是否激活

3.配置镜像方便下载

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

三、使用conda

1.基本命令

conda list查看软件列表
conda search fastqc(或其他软件)搜索软件
conda install fastqc=0.11.7 -y若不指定版本则安装最新版,-y自动安装
conda remove fastqc -y卸载软件

2.conda环境

conda info --envs查看有哪些环境,*代表默认

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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y建立名为rna-seq的conda环境指定python版本3,同时自动安装fastqc和trimmomatic,再次查看环境

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conda activate rna-seq激活环境

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今日小结

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