Linux环境下软件安装
一、概念
anaconda>miniconda>conda
conda是一个环境，在其中安装不同版本的软件使用不会互相干扰
二、安装miniconda
1.查看服务器版本uname -a
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2.搜索清华镜像miniconda安装lastest版本
cd ~/biosoft
wget 链接地址
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按回车跳过版权信息，其他选yes
安装成功后显示
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激活conda
source ~/.bashrc输入conda显示
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没显示注意是否激活
3.配置镜像方便下载
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
三、使用conda
1.基本命令
conda list查看软件列表
conda search fastqc(或其他软件)搜索软件
conda install fastqc=0.11.7 -y若不指定版本则安装最新版，-y自动安装
conda remove fastqc -y卸载软件
2.conda环境
conda info --envs查看有哪些环境，*代表默认
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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y建立名为rna-seq的conda环境指定python版本3，同时自动安装fastqc和trimmomatic，再次查看环境
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conda activate rna-seq激活环境
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今日小结
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