- 作图时，可通过以下资料找到自己想要的图片格式
- 可视化网址: http://www.sthda.com/english/
- ggpubr 包可视化
- google搜索：如ggplot chart
- 小提琴图
plot1 <- VlnPlot(scRNA, features = c("nFeature_RNA","nCount_RNA"),
group.by = "group", cols =rainbow(col.num)) +
theme(legend.position = "none") #添加图注位置，比如legend.position = c(0.1,0.8)
+ labs(tag = "A")#添加图的序号，A,B,C等
- geom_bar()函数绘制条形图
geom_bar( mapping = NULL, data = NULL, stat = "count", position = "stack",
..., width = NULL, na.rm = FALSE,orientation = NA,show.legend = NA,inherit.aes = TRUE)
stat:设置条形图高度的含义（count和identity）。count：每个条的高度等于每组中的数据的个数；identity:数据框中列的值；
position：设置位置，有效值是stack、dodge和fill，默认值是stack（堆叠）：两个条形图堆叠摆放，dodge：两个条形图并行摆放，fill：按照比例来堆叠条形图，每个条形图的高度都相等，但是高度表示的数量是不尽相同的；
width：条形图的宽度，是个比值，默认值是0.9
- 热图绘制
-
pheatmap画热图
cluster_cols指定按排序显示还是按样本显示； - ggplot画热图
ggplot(mean_expre_z_m, aes(x=variable, y=gene)) +
geom_tile(aes(fill=value)) +
theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))+#这里选择X轴标签45度；
scale_fill_gradient(low = "white", high = "red")+ #连续的数字，指定最小数值代表的颜色和最大数值赋予的颜色
theme(legend.position="top")# postion可以接受的值有 top, bottom, left, right, 和一个坐标 c(0.05,0.8) (左上角，坐标是相对于图的左下角计算的）
注：
a. theme: 是处理图美观的一个函数，可以调整横纵轴label的选择、图例的位置等。
b. hjust是水平的对齐方式，0为左，1为右，0.5居中，0-1之间可以取任意值。vjust是垂直对齐方式，0底对齐，1为顶对齐，0.5居中，0-1之间可以取任意值。hjust和vjust调整标签的相对位置，具体见 https://stackoverflow.com/questions/7263849/what-do-hjust-and-vjust-do-when-making-a-plot-using-ggplot
c. 注意fill和color的区别，fill是填充，color只针对边缘
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关于坐标轴
scale_x_continuous() and scale_y_continuous()可用于调节坐标轴的各种参数
1）坐标轴label
scale_x_continuous("Engine displacement (L)") + scale_y_continuous("Highway MPG") #更改坐标轴标题
2）xlab()+ylab()
