一、安装MultiQC
依赖conda安装
conda install -c bioconda multiqc
二、安装fastqc
wget [http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) fastqc_v0.11.7.zip
显示安装成功
fastqc .PNG
三、fastqc质量检测
下载两个fastq文件并利用fastqc进行质量控制
fastqc test_7942raw_1.fq.gz
fastqc test_7942raw_2.fq.gz
fastqc分析后得到两个html文件，可用浏览器打开查看
fastqc数据检测.PNG
html查看.PNG
四、利用multiqc比对fastqc分析出来的两个fastq文件
multiqc .
结果如图
muiltyq检测.PNG
处.PNG
五、将multiqc_report.html 下载到本地用浏览器查看
1、General Statistics
2、FastQC
（1）Sequence Quality Histograms
2.PNG
（2）Per Sequence Quality Scores
3.PNG
（3）Per Sequence GC Content
4.PNG
（4）Sequence Duplication Levels
5.PNG
（5）Adapter Content
6.PNG
六、遇到的问题
警告提示：
YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default
Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.
产生原因：
yaml 5.1版本后弃用了yaml.load(file)这个用法，因为觉得很不安全，5.1版本之后就修改了需要指定Loader，通过默认加载器（FullLoader）禁止执行任意函数
解决办法：
yaml.load(f, Loader=yaml.FullLoader)
